VOSA phát sinh nghĩa vụ thuế hơn 2,3 tỷ đồng từ hai quyết định xử phạt

Câu chuyện xử phạt thuế tại VOSA không chỉ nằm ở khoản truy thu và tiền phạt hơn 2 tỷ đồng của công ty mẹ. Một quyết định khác đối với chi nhánh tại Quảng Ninh cho thấy rủi ro tuân thủ thuế còn xuất hiện ở đơn vị phụ thuộc.

Tổng nghĩa vụ tài chính từ hai quyết định xử phạt đã vượt 2,3 tỷ đồng, đặt ra vấn đề về kiểm soát hóa đơn và quản trị rủi ro thuế trong hệ thống doanh nghiệp.

Hai quyết định xử phạt, nghĩa vụ tài chính hơn 2,3 tỷ đồng

Theo Quyết định số 7735/QĐ-XPHC ngày 30/10/2026 của Thuế Thành phố Hồ Chí Minh, Công ty Cổ phần Đại lý Hàng hải Việt Nam (VOSA, mã chứng khoán VSA – HNX) bị xử phạt do kê khai sai và sử dụng hóa đơn không còn giá trị sử dụng để hạch toán vào chi phí được trừ, dẫn đến thiếu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) phải nộp.

Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh đã ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế đối với Công ty Cổ phần Đại lý Hàng hải Việt Nam (VOSA, HNX: VSA), do kê khai sai và sử dụng hóa đơn không còn giá trị sử dụng để hạch toán chi phí được trừ, dẫn đến thiếu số thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) phải nộp qua nhiều năm - Ảnh minh họa.

Sai phạm được xác định tại các kỳ tính thuế 2017, 2019, 2020 và 2022. Trong đó, riêng năm 2022, doanh nghiệp bị phạt 98 triệu đồng do kê khai sai làm thiếu thuế TNDN và 98,35 triệu đồng do sử dụng hóa đơn không có giá trị sử dụng để hạch toán chi phí, làm giảm số thuế phải nộp.

Tổng tiền phạt đối với các hành vi vi phạm là hơn 197,2 triệu đồng.

Bên cạnh đó, VOSA phải nộp bổ sung hơn 1,158 tỷ đồng thuế TNDN, cùng hơn 672,1 triệu đồng tiền chậm nộp, tính đến hết ngày 23/10/2026. Doanh nghiệp tiếp tục phải tự tính và nộp tiền chậm nộp phát sinh sau thời điểm này cho đến khi hoàn thành nghĩa vụ với ngân sách nhà nước.

Như vậy, tổng tiền phạt, truy thu thuế và tiền chậm nộp theo quyết định đối với công ty mẹ là hơn 2,028 tỷ đồng. Ngoài ra, cơ quan thuế còn điều chỉnh giảm hơn 113,1 triệu đồng thuế giá trị gia tăng (GTGT) được khấu trừ.

Đáng chú ý, trước đó, ngày 24/09/2026, Cơ quan Thuế Quảng Ninh đã ban hành Quyết định số 150/QĐ-XPHC xử phạt vi phạm hành chính đối với Chi nhánh Công ty Cổ phần Đại lý Hàng hải Việt Nam – Đại lý Hàng hải Quảng Ninh.

Theo quyết định, chi nhánh sử dụng hóa đơn bất hợp pháp để hạch toán hàng hóa, vật tư đầu vào, làm giảm số thuế phải nộp. Đơn vị đã chủ động kê khai bổ sung đối với 8 hóa đơn vào ngày 21/04/2026.

Sau khi xem xét hồ sơ, Cơ quan Thuế quyết định xử phạt hơn 146,2 triệu đồng. Chi nhánh còn phải nộp bổ sung hơn 99,4 triệu đồng tiền thuế và hơn 42,8 triệu đồng tiền chậm nộp.

Tổng nghĩa vụ tài chính của chi nhánh Quảng Ninh là hơn 280,5 triệu đồng.

Tính chung hai quyết định, tổng tiền phạt, truy thu thuế và tiền chậm nộp mà công ty mẹ cùng chi nhánh Quảng Ninh phải thực hiện là khoảng 2,309 tỷ đồng.

Rủi ro thuế từ khâu kiểm soát hóa đơn

Điểm đáng chú ý trong hai quyết định xử phạt là sự xuất hiện của các sai phạm liên quan đến hóa đơn tại cả công ty mẹ và chi nhánh.

Đối với công ty mẹ, việc sử dụng hóa đơn không còn giá trị sử dụng để hạch toán chi phí được trừ đã ảnh hưởng trực tiếp đến căn cứ xác định thuế TNDN phải nộp. Trong khi đó, tại chi nhánh Quảng Ninh, việc sử dụng hóa đơn bất hợp pháp để hạch toán hàng hóa, vật tư đầu vào cũng dẫn đến nghĩa vụ thuế phát sinh.

Đây là hai quyết định xử phạt đối với hai đối tượng khác nhau, nhưng cùng cho thấy vai trò quan trọng của việc kiểm tra tính hợp pháp của hóa đơn trước khi đưa vào hệ thống kế toán.

Với doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực đại lý hàng hải, vận tải và logistics, hoạt động mua sắm hàng hóa, vật tư, sử dụng dịch vụ và thanh toán cho các đối tác thường gắn với nhiều chứng từ kế toán. Việc kiểm soát tính hợp pháp của hóa đơn đầu vào vì thế không chỉ là yêu cầu về thủ tục mà còn liên quan trực tiếp đến chi phí, lợi nhuận và nghĩa vụ thuế.

Một chi tiết khác trong quyết định xử phạt công ty mẹ là các sai phạm tại những năm 2017, 2019 và 2020 đã hết thời hiệu xử phạt hành chính đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu thuế TNDN. Tuy nhiên, nghĩa vụ thuế phải khắc phục vẫn được xác định theo quyết định của Cơ quan Thuế. Điều này cho thấy cần phân biệt giữa thời hiệu xử phạt và nghĩa vụ tài chính phát sinh từ việc kê khai thiếu thuế.

Đối với doanh nghiệp có nhiều chi nhánh, đơn vị phụ thuộc, việc xây dựng cơ chế kiểm soát hóa đơn thống nhất, đối chiếu chứng từ và rà soát nghĩa vụ thuế định kỳ có ý nghĩa quan trọng. Nếu khâu kiểm tra tại từng đơn vị không được thực hiện chặt chẽ, rủi ro có thể phát sinh ở nhiều cấp, kéo theo chi phí khắc phục và ảnh hưởng đến hoạt động tài chính.

VOSA được thành lập ngày 13/03/1957, hoạt động trong các lĩnh vực đại lý tàu biển, vận tải, logistics và kho bãi. Theo giới thiệu của doanh nghiệp, hệ thống có 14 đơn vị chi nhánh trong nước, cùng các công ty liên doanh.

Với quy mô hoạt động trải rộng, việc tăng cường kiểm soát tuân thủ thuế tại công ty mẹ và các đơn vị trực thuộc là yêu cầu đáng chú ý. Bởi ngoài khoản tiền phải nộp cho ngân sách Nhà nước, những sai sót trong quản trị hóa đơn còn có thể kéo theo chi phí tài chính, ảnh hưởng đến kết quả kinh doanh và uy tín của doanh nghiệp trên thị trường.