Doanh nghiệp cần làm gì để được khấu trừ thuế khi thanh toán qua bên thứ ba?

Một giao dịch mua hàng đã hoàn tất, tiền đã chuyển khỏi tài khoản doanh nghiệp nhưng chứng từ thanh toán lại thể hiện người nhận tiền là một bên thứ ba. Trong trường hợp này, doanh nghiệp có được khấu trừ thuế GTGT đầu vào hay không?

Câu trả lời là có thể, nhưng không chỉ cần chứng minh dòng tiền đã được chuyển đi. Quan hệ ủy quyền hoặc chỉ định thanh toán phải được xác lập bằng văn bản trong hợp đồng, đồng thời đáp ứng các điều kiện về chủ thể nhận tiền và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Thanh toán qua bên thứ ba phải có thỏa thuận bằng văn bản

Thuế tỉnh Hưng Yên vừa ban hành Công văn số 19337/HYE-QLDN1 ngày 23/10/2026, hướng dẫn Công ty TNHH UPM (Việt Nam) về sử dụng hóa đơn và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt trong trường hợp ủy quyền thanh toán, điều chuyển hàng hóa cho chi nhánh.

Doanh nghiệp thanh toán tiền mua hàng hóa, dịch vụ thông qua bên thứ ba phải quy định cụ thể việc ủy quyền hoặc chỉ định thanh toán trong hợp đồng bằng văn bản. Bên thứ ba nhận hoặc thực hiện thanh toán phải là tổ chức, cá nhân đang hoạt động hợp pháp - Ảnh minh họa.

Theo Điều 26 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP của Chính phủ, cơ sở kinh doanh phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu, có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên, đã bao gồm thuế GTGT.

Chứng từ thanh toán phải chứng minh giao dịch thực hiện bằng phương thức không dùng tiền mặt theo quy định của pháp luật về thanh toán. Đáng lưu ý, trường hợp bên mua trực tiếp nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán không được xác định là chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để đáp ứng điều kiện khấu trừ thuế này.

Đối với giao dịch thanh toán qua bên thứ ba, quy định cho phép doanh nghiệp thực hiện theo phương thức ủy quyền hoặc theo chỉ định của bên bán. Tuy nhiên, điều kiện đi kèm là việc thanh toán phải được quy định cụ thể trong hợp đồng dưới hình thức văn bản.

Bên thứ ba thực hiện hoặc nhận thanh toán phải là tổ chức hoặc cá nhân đang hoạt động theo quy định của pháp luật.

Quy định này cũng áp dụng trong trường hợp bên bán yêu cầu bên mua chuyển tiền cho một đơn vị khác do chính bên bán chỉ định. Như vậy, việc chuyển tiền đúng tài khoản được thông báo chưa đủ để bảo đảm điều kiện khấu trừ nếu quan hệ thanh toán không được thể hiện rõ trong hồ sơ giao dịch.

Ba nội dung doanh nghiệp cần kiểm tra trước khi chuyển tiền

Từ quy định trên, doanh nghiệp cần đặc biệt chú ý đến tính thống nhất giữa hợp đồng, hóa đơn và chứng từ thanh toán.

Trước hết, hợp đồng mua bán cần ghi rõ phương thức thanh toán qua bên thứ ba. Nếu bên mua ủy quyền cho một đơn vị khác thanh toán, cần xác định rõ chủ thể được ủy quyền, phạm vi ủy quyền và trách nhiệm của các bên.

Trường hợp bên bán chỉ định một bên thứ ba nhận tiền, nội dung này cũng cần được thể hiện cụ thể bằng văn bản trong hợp đồng hoặc thỏa thuận có giá trị pháp lý phù hợp.

Tiếp đó, doanh nghiệp cần kiểm tra tư cách pháp lý của bên thứ ba. Việc chuyển tiền cho một cá nhân hoặc tổ chức không hoạt động hợp pháp có thể khiến hồ sơ thanh toán không đáp ứng điều kiện theo quy định.

Cuối cùng, chứng từ ngân hàng phải thể hiện được giao dịch thanh toán không dùng tiền mặt và có khả năng đối chiếu với nghĩa vụ thanh toán trong hợp đồng. Nội dung chuyển tiền, số tiền, thời điểm thanh toán và các bên liên quan cần thống nhất với hồ sơ mua bán.

Điểm quan trọng là phải thiết lập cơ chế thanh toán ngay từ khi ký hợp đồng, thay vì chờ đến khi phát sinh giao dịch mới bổ sung giấy tờ giải trình.

Đối với các doanh nghiệp thường xuyên thanh toán hộ, thanh toán thay giữa các công ty trong cùng hệ thống hoặc thực hiện thanh toán theo chỉ định của nhà cung cấp, việc chuẩn hóa điều khoản hợp đồng sẽ giúp giảm đáng kể rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ khấu trừ.

Điều chuyển hàng hóa cho chi nhánh được lựa chọn cách xuất hóa đơn

Ngoài thanh toán qua bên thứ ba, Công văn số 19337/HYE-QLDN1 còn hướng dẫn một nội dung đáng chú ý đối với doanh nghiệp có chi nhánh hạch toán phụ thuộc tại địa phương khác.

Theo điểm d khoản 3 Điều 6 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, tổ chức kinh doanh kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ khi điều chuyển hàng hóa cho chi nhánh, cửa hàng ở tỉnh, thành phố khác để bán có thể lựa chọn một trong hai phương thức sử dụng hóa đơn, chứng từ, căn cứ vào phương thức tổ chức kinh doanh và hạch toán kế toán.

Phương án thứ nhất là sử dụng hóa đơn GTGT điện tử để làm căn cứ thanh toán và kê khai, nộp thuế GTGT tại từng đơn vị, từng khâu độc lập.

Phương án thứ hai là sử dụng phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ để đưa hàng hóa đến chi nhánh.

Nếu lựa chọn phương án thứ hai, khi bán hàng, chi nhánh phải lập hóa đơn giao cho người mua, đồng thời lập bảng kê hàng hóa bán ra gửi về đơn vị giao hàng. Trên cơ sở bảng kê, đơn vị giao hàng lập hóa đơn GTGT đối với lượng hàng hóa thực tế đã tiêu thụ.

Đối với doanh nghiệp có số lượng và doanh số hàng hóa bán ra lớn, bảng kê có thể được lập định kỳ 5 ngày hoặc 10 ngày một lần. Nếu hàng hóa có các mức thuế suất GTGT khác nhau, doanh nghiệp phải lập bảng kê riêng theo từng nhóm thuế suất.

Chi nhánh thực hiện kê khai, nộp thuế GTGT đối với hàng hóa bán ra cho khách hàng và được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hóa đơn GTGT do đơn vị giao hàng xuất.

Hóa đơn phải phản ánh đúng giao dịch thực tế

Một yêu cầu khác được Thuế tỉnh Hưng Yên nhấn mạnh là tính chính xác của hóa đơn điện tử.

Theo Điều 4 và Điều 10 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, người bán phải lập hóa đơn điện tử giao cho người mua. Hóa đơn phải thể hiện đầy đủ các thông tin theo quy định, phản ánh trung thực nghiệp vụ kinh tế phát sinh và phù hợp với nội dung hợp đồng mua bán.

Điều này có ý nghĩa quan trọng trong những giao dịch có nhiều chủ thể tham gia thanh toán hoặc có hoạt động điều chuyển hàng hóa giữa các đơn vị phụ thuộc.

Chẳng hạn, nếu hợp đồng thể hiện bên mua có nghĩa vụ thanh toán cho bên bán nhưng chứng từ ngân hàng lại ghi nhận tiền được chuyển cho một đơn vị khác, doanh nghiệp cần có thỏa thuận ủy quyền hoặc chỉ định thanh toán làm căn cứ giải thích mối quan hệ giữa các bên.

Tương tự, khi điều chuyển hàng hóa cho chi nhánh, việc lựa chọn hóa đơn GTGT điện tử hay phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ phải phù hợp với phương thức hạch toán thực tế. Không nên sử dụng chứng từ theo thói quen hoặc chỉ nhằm đơn giản hóa quy trình kế toán.

Chủ động chuẩn hóa hồ sơ để tránh mất quyền khấu trừ

Từ hướng dẫn của Cơ quan Thuế, doanh nghiệp cần nhìn nhận việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào như một quy trình kiểm soát xuyên suốt, bắt đầu từ khâu ký hợp đồng đến khi hoàn tất thanh toán và hạch toán.

Đối với bộ phận kế toán, cần rà soát các hóa đơn mua hàng từ 5 triệu đồng trở lên, kiểm tra phương thức thanh toán và đối chiếu chứng từ ngân hàng với hợp đồng. Những giao dịch thanh toán qua bên thứ ba cần được nhận diện riêng để kiểm tra thỏa thuận ủy quyền hoặc chỉ định thanh toán.

Bộ phận mua hàng và pháp chế cũng cần phối hợp để đưa điều khoản thanh toán vào hợp đồng ngay từ đầu. Với doanh nghiệp có nhiều chi nhánh, cần thống nhất quy trình điều chuyển hàng hóa, lập hóa đơn, bảng kê và kê khai thuế giữa trụ sở chính với đơn vị phụ thuộc.

Một giao dịch có thể đã hoàn tất về mặt thương mại nhưng vẫn tiềm ẩn rủi ro về thuế nếu hồ sơ thanh toán không đáp ứng điều kiện pháp luật. Vì vậy, kiểm soát tính hợp lệ của hợp đồng, hóa đơn và chứng từ chuyển tiền không chỉ là công việc của kế toán mà còn là một phần quan trọng trong quản trị tài chính và tuân thủ của doanh nghiệp.