Thông tư 149/2026/TT-BTC: Thay đổi cơ chế thu, nộp phí, lệ phí, doanh nghiệp được lợi gì?

Thông tư 149/2026/TT-BTC không chỉ điều chỉnh biểu phí trong một số lĩnh vực mà còn thay đổi các quy định về khai, nộp và quản lý nguồn thu. Việc yêu cầu tổ chức thu phí, lệ phí nộp toàn bộ số thu vào ngân sách nhà nước đặt ra vấn đề đáng quan tâm: Cải cách cơ chế tài chính có giúp nâng cao tính minh bạch và giảm chi phí tuân thủ cho doanh nghiệp, hay vẫn còn những yêu cầu cần tiếp tục hoàn thiện trong khâu thực thi?

Nộp 100% số thu vào ngân sách: Thay đổi đáng chú ý trong quản lý tài chính công

Theo khoản 3 Điều 1 Thông tư 149/2026/TT-BTC, Điều 4 Thông tư 34/2017/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung theo hướng tổ chức thu phí phải nộp 100% số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước, bao gồm cả tiền lãi phát sinh nếu có trên số dư tài khoản liên quan trong quá trình thu phí.

Tương tự, khoản 2 Điều 2 sửa đổi Điều 5 Thông tư 10/2024/TT-BTC về khai, nộp phí, lệ phí và quyết toán phí trong lĩnh vực khoáng sản.

Khoản 4 Điều 4 tiếp tục sửa đổi Điều 4 Thông tư 33/2025/TT-BTC, áp dụng cơ chế tương ứng đối với phí khai thác, sử dụng nguồn nước do cơ quan trung ương thực hiện.

Đáng chú ý, kinh phí phục vụ hoạt động cung cấp dịch vụ, tổ chức thu phí được bố trí trong dự toán ngân sách theo chế độ, định mức chi hiện hành.

Xét về bản chất, đây là sự điều chỉnh cơ chế quản lý nguồn thu và bảo đảm kinh phí hoạt động của tổ chức thu phí.

Điểm cần phân biệt là nghĩa vụ nộp 100% nguồn thu vào ngân sách thuộc về tổ chức thu phí, lệ phí. Quy định này không có nghĩa doanh nghiệp phải nộp thêm 100% trên mức phí đã được công bố.

Dưới góc độ chính sách công, cơ chế tập trung nguồn thu ngân sách có thể tăng tính minh bạch trong quản lý tài chính, hạn chế sự phân tán của dòng tiền thu phí.

Tuy nhiên, hiệu quả thực tế phụ thuộc vào khả năng bảo đảm kinh phí hoạt động cho cơ quan thực hiện dịch vụ công, chất lượng phục vụ và tính thống nhất của quy trình thu, nộp.

Nếu việc bố trí kinh phí không kịp thời hoặc phát sinh vướng mắc hành chính, những lợi ích từ chuẩn hóa cơ chế tài chính có thể chưa được phản ánh đầy đủ trong trải nghiệm của doanh nghiệp.

Thông tư 149/2026/TT-BTC: Thay đổi cơ chế thu, nộp phí, lệ phí, doanh nghiệp được lợi gì?

Từ thủ tục thu phí đến khả năng giảm chi phí tuân thủ

Điểm đáng chú ý tiếp theo là việc Thông tư 149 thống nhất dẫn chiếu cơ chế nộp phí, lệ phí tại khoản 1 Điều 3 Nghị định 362/2025/NĐ-CP.

Cụ thể, khoản 3 Điều 1, khoản 2 Điều 2, khoản 1 Điều 3 và khoản 4 Điều 4 Thông tư 149 đều điều chỉnh các quy định liên quan đến khai, nộp phí hoặc lệ phí theo cơ chế này.

Nghị định 362/2025/NĐ-CP, có hiệu lực từ ngày 01/01/2026, là văn bản quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số nội dung của Luật Phí và lệ phí.

Việc thống nhất căn cứ pháp lý góp phần hạn chế tình trạng mỗi lĩnh vực áp dụng những quy định hướng dẫn tài chính phân tán.

Tuy nhiên, không thể chỉ từ việc thay đổi quy định thu, nộp mà kết luận thời gian giải quyết thủ tục hành chính sẽ được rút ngắn hoặc chi phí của doanh nghiệp chắc chắn giảm.

Đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa, chi phí tuân thủ không chỉ gồm số tiền phí chính thức mà còn có thời gian chuẩn bị hồ sơ, chi phí nhân sự, tư vấn pháp lý và thời gian chờ hoàn thành thủ tục.

Một doanh nghiệp xin cấp giấy phép trong lĩnh vực khoáng sản hoặc tài nguyên nước có thể dự toán được mức phí theo biểu quy định, nhưng vẫn phải tính đến các nghĩa vụ hồ sơ và điều kiện chuyên ngành.

Do vậy, yêu cầu đặt ra là các cơ quan thực thi cần công khai rõ mức thu, phương thức nộp, căn cứ tính phí và trách nhiệm giải quyết thủ tục.

Đối với doanh nghiệp, cần kiểm tra chứng từ nộp phí, xác định đúng cơ quan có thẩm quyền và tránh thực hiện thanh toán theo những yêu cầu không có căn cứ pháp lý rõ ràng.

Bãi bỏ văn bản cũ: Doanh nghiệp cần tránh áp dụng nhầm quy định

Theo khoản 2 Điều 5 Thông tư 149/2026/TT-BTC, kể từ thời điểm Thông tư có hiệu lực, Thông tư 33/2019/TT-BTC và Thông tư 196/2016/TT-BTC bị bãi bỏ.

Đây là chi tiết đáng lưu ý đối với những doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực đo đạc, bản đồ và sử dụng thông tin, dữ liệu chuyên ngành.

Cùng với đó, khoản 4 Điều 1, khoản 3 Điều 2 và khoản 5 Điều 4 bãi bỏ các điều khoản cụ thể của những thông tư được sửa đổi.

Đối với doanh nghiệp, rủi ro đáng quan tâm là tiếp tục sử dụng biểu phí, quy trình hoặc căn cứ pháp lý cũ sau khi quy định mới đã có hiệu lực.

Sai sót này có thể ảnh hưởng đến việc lập dự toán, chuẩn bị hồ sơ và xác định nghĩa vụ tài chính.

Một điểm cần chú ý khác nằm tại khoản 3 Điều 5 Thông tư 149: trường hợp các văn bản quy phạm pháp luật được viện dẫn tiếp tục được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế thì thực hiện theo văn bản mới tương ứng.

Quy định này đòi hỏi doanh nghiệp không chỉ kiểm tra Thông tư 149 mà còn phải theo dõi tình trạng pháp lý của các văn bản liên quan.

Từ góc độ quản trị, doanh nghiệp nên xây dựng danh mục những thủ tục phát sinh thường xuyên, phân công bộ phận theo dõi thay đổi chính sách và cập nhật biểu phí trước mỗi lần thực hiện.

Đối với hộ kinh doanh, việc xác định đúng đối tượng phải nộp phí, trường hợp được miễn và thời điểm áp dụng có ý nghĩa thiết thực hơn việc tìm hiểu toàn bộ hệ thống văn bản.

Minh bạch phí, lệ phí phải đi cùng hiệu quả phục vụ doanh nghiệp

Thông tư 149/2026/TT-BTC cho thấy việc hoàn thiện chính sách phí, lệ phí không dừng ở thay đổi mức thu mà còn hướng đến thống nhất cơ chế quản lý, nộp ngân sách và xử lý các quy định không còn phù hợp.

Đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa, hộ kinh doanh, yêu cầu quan trọng là chủ động cập nhật căn cứ pháp lý, xác định đúng nghĩa vụ tài chính và chuẩn bị hồ sơ phù hợp.

Ở chiều ngược lại, cơ quan quản lý cần bảo đảm việc chuẩn hóa nguồn thu không làm phát sinh thêm thủ tục hoặc chi phí tuân thủ không cần thiết.

Một chính sách phí, lệ phí hiệu quả không chỉ bảo đảm thu đúng, thu đủ cho ngân sách mà còn phải giúp doanh nghiệp dễ dàng xác định nghĩa vụ, chủ động trong kế hoạch đầu tư và yên tâm thực hiện hoạt động sản xuất, kinh doanh.