Thông tư 149/2026/TT-BTC: Phí khoáng sản, tài nguyên nước thay đổi, doanh nghiệp cần lưu ý gì?

Việc Bộ Tài chính ban hành Thông tư 149/2026/TT-BTC, sửa đổi nhiều quy định về phí, lệ phí trong lĩnh vực khoáng sản, tài nguyên nước và đo đạc bản đồ, đặt ra những vấn đề đáng chú ý đối với môi trường đầu tư. Đằng sau các biểu phí mới không chỉ là nghĩa vụ tài chính, mà còn là yêu cầu nâng cao tính minh bạch, khả năng dự báo chi phí và năng lực tuân thủ của doanh nghiệp, đặc biệt là doanh nghiệp nhỏ và vừa.

Điều chỉnh biểu phí khoáng sản: Chi phí pháp lý cần được tính từ giai đoạn chuẩn bị dự án

Theo khoản 1 Điều 2 Thông tư 149/2026/TT-BTC, Bộ Tài chính sửa đổi điểm 2, điểm 3 và điểm 4 Mục II Biểu mức thu phí, lệ phí ban hành kèm theo Thông tư 10/2024/TT-BTC.

Đáng chú ý, mức lệ phí cấp giấy phép khai thác khoáng sản được phân định theo loại khoáng sản, quy mô, công suất khai thác và phương pháp thực hiện.

Đối với giấy phép khai thác cát, sỏi lòng suối, mức thu là 1 triệu đồng nếu công suất dưới 5.000 m³/năm; 10 triệu đồng với công suất từ 5.000 đến 10.000 m³/năm; và 15 triệu đồng nếu công suất trên 10.000 m³/năm.

Đối với khoáng sản làm vật liệu xây dựng thông thường không sử dụng vật liệu nổ công nghiệp, mức thu được phân chia thành các nhóm 15 triệu, 20 triệu và 30 triệu đồng tùy quy mô diện tích, công suất.

Trong khi đó, giấy phép khai thác khoáng sản bằng phương pháp hầm lò thuộc nhóm quy định tại số thứ tự 5 có mức thu 60 triệu đồng; giấy phép khai thác khoáng sản chiến lược đặc biệt, khoáng sản độc hại có mức thu 100 triệu đồng.

Điểm đáng lưu ý là tại điểm 4 Mục II Biểu mức thu được sửa đổi, các trường hợp gia hạn, cấp lại, điều chỉnh hoặc cấp phép khi chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác thuộc phạm vi quy định được áp dụng mức thu bằng 50% mức tương ứng.

Đối với doanh nghiệp, đặc biệt là các đơn vị nhỏ hoạt động trong lĩnh vực vật liệu xây dựng, việc xác định chính xác loại giấy phép và quy mô dự án có ý nghĩa quan trọng khi dự toán chi phí.

Tuy nhiên, không nên đồng nhất các mức thu này với toàn bộ chi phí pháp lý của dự án. Doanh nghiệp còn phải xem xét các nghĩa vụ tài chính khác theo pháp luật chuyên ngành.

Cũng cần thận trọng khi nhận định phí, lệ phí tăng hay giảm, bởi muốn xác định mức chênh lệch phải đối chiếu với biểu phí áp dụng trước ngày 23/11/2026 cho từng trường hợp cụ thể.

Thông tư 149/2026/TT-BTC: Phí khoáng sản, tài nguyên nước thay đổi, doanh nghiệp cần lưu ý gì?

Phí tài nguyên nước: Áp lực tuân thủ đối với các dự án sử dụng nguồn nước lớn

Một nội dung đáng chú ý khác nằm tại khoản 3 Điều 4 Thông tư 149, sửa đổi Biểu mức thu phí khai thác, sử dụng nguồn nước do cơ quan trung ương thực hiện ban hành kèm Thông tư 33/2025/TT-BTC.

Theo biểu phí mới, việc thẩm định đề án thăm dò nước dưới đất có mức thu từ 14,7 triệu đến 33,2 triệu đồng/hồ sơ, tùy lưu lượng.

Đối với báo cáo hiện trạng khai thác nước dưới đất, mức thu từ 14,9 triệu đến 34,2 triệu đồng/hồ sơ.

Đáng chú ý, phí thẩm định đề án khai thác, sử dụng nước mặt có thể lên tới 45,6 triệu đồng/hồ sơ; phí thẩm định đề án khai thác, sử dụng nước biển ở nhóm lưu lượng trên 2 triệu m³/ngày đêm là 57,7 triệu đồng/hồ sơ.

Biểu phí cũng quy định mức thu bằng 50% đối với trường hợp gia hạn, điều chỉnh nội dung giấy phép khai thác nước dưới đất, nước mặt, nước biển thuộc số thứ tự 6; và bằng 30% đối với gia hạn, điều chỉnh giấy phép thăm dò nước dưới đất theo số thứ tự 7.

Về chính sách, việc phân loại phí theo quy mô và tính chất hồ sơ góp phần tạo căn cứ xác định nghĩa vụ tài chính cụ thể.

Song với doanh nghiệp, yếu tố cần quan tâm không chỉ là mức tiền phải nộp mà còn là khả năng chuẩn bị hồ sơ đúng yêu cầu, hạn chế phát sinh chi phí do phải bổ sung hoặc điều chỉnh thủ tục.

Đặc biệt, hộ kinh doanh cần phân biệt các khoản phí thuộc thẩm quyền cơ quan trung ương với nghĩa vụ phát sinh ở cấp quản lý khác, tránh áp dụng nhầm biểu phí.

Chi phí tuân thủ không chỉ là số tiền trên biên lai

Khoản 3 Điều 1 và khoản 4 Điều 4 Thông tư 149 sửa đổi cơ chế khai, nộp phí trong lĩnh vực đo đạc bản đồ và tài nguyên nước.

Theo đó, người nộp phí thực hiện nộp vào ngân sách nhà nước theo hình thức quy định tại khoản 1 Điều 3 Nghị định 362/2025/NĐ-CP.

Đối với tổ chức thu phí, quy định yêu cầu nộp 100% số tiền thu được vào ngân sách, bao gồm cả tiền lãi phát sinh trên số dư tài khoản liên quan nếu có.

Dưới góc độ quản lý, đây là yêu cầu tăng tính thống nhất trong kiểm soát nguồn thu.

Tuy nhiên, 100% số thu nộp ngân sách là nghĩa vụ của tổ chức thu phí, không phải doanh nghiệp phải nộp thêm một khoản ngoài mức phí, lệ phí được quy định.

Đối với chủ đầu tư, điều cần làm là rà soát dự toán pháp lý, xác định chính xác thủ tục phải thực hiện và thời điểm phát sinh nghĩa vụ tài chính.

Chính sách phí cần được nhìn từ tổng chi phí đầu tư

Thông tư 149/2026/TT-BTC không chỉ đặt ra những mức thu cụ thể mà còn yêu cầu doanh nghiệp chủ động hơn trong dự báo chi phí và tổ chức thực hiện thủ tục pháp lý.

Đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa, hạn chế rủi ro không nằm ở việc tìm cách giảm nghĩa vụ phí bằng mọi giá, mà là xác định đúng loại giấy phép, chuẩn bị hồ sơ phù hợp và tính toán đầy đủ chi phí tuân thủ.

Về phía cơ quan quản lý, tính minh bạch của biểu phí cần đi cùng sự thống nhất trong hướng dẫn thực hiện. Một môi trường đầu tư thuận lợi không chỉ đòi hỏi mức phí hợp lý mà còn cần thủ tục rõ ràng, dễ dự báo và hạn chế chi phí phát sinh ngoài quy định.