Nghị định 255/2026/NĐ-CP: Hồ sơ giao dịch liên kết sẽ trở thành "lá chắn" pháp lý của doanh nghiệp (kỳ 2)

Trong nhiều năm, không ít doanh nghiệp chỉ bắt đầu chuẩn bị hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết khi nhận được quyết định thanh tra hoặc kiểm tra thuế. Tuy nhiên, với Nghị định 255/2026/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 1/7/2026, cách tiếp cận này không còn phù hợp. Hồ sơ giao dịch liên kết không đơn thuần là nghĩa vụ kê khai mà sẽ trở thành căn cứ quan trọng để doanh nghiệp chứng minh việc tuân thủ nguyên tắc giao dịch độc lập và bảo vệ mình trước nguy cơ bị điều chỉnh nghĩa vụ thuế.

Nghị định 255/2026/NĐ-CP: Hồ sơ giao dịch liên kết sẽ trở thành "lá chắn" pháp lý của doanh nghiệp

Hồ sơ giao dịch liên kết không còn là thủ tục mang tính hình thức

Một trong những nội dung trọng tâm của Nghị định 255 là hoàn thiện hệ thống hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết theo thông lệ quốc tế. Từ Điều 16 đến Điều 20, Nghị định quy định cụ thể về hồ sơ quốc gia (Local File), hồ sơ toàn cầu (Master File), báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (Country-by-Country Report), các trường hợp được miễn lập hồ sơ, miễn kê khai và trách nhiệm lưu giữ, cung cấp thông tin khi cơ quan thuế yêu cầu. Đây là cơ sở pháp lý quan trọng để cơ quan quản lý đánh giá tính hợp lý của các giao dịch giữa các bên liên kết.

Điểm đáng chú ý là hồ sơ không chỉ phản ánh giá trị giao dịch mà còn phải chứng minh cơ sở hình thành giá, chức năng của từng bên tham gia, mức độ rủi ro, tài sản sử dụng và lợi ích kinh tế mà các bên nhận được. Điều này đòi hỏi doanh nghiệp phải chuẩn bị hồ sơ ngay trong quá trình phát sinh giao dịch, thay vì tổng hợp sau khi kết thúc năm tài chính.

Rủi ro lớn nhất là không chứng minh được nguyên tắc giao dịch độc lập

Thực tế thanh tra thuế cho thấy nhiều doanh nghiệp vẫn lưu giữ hợp đồng, hóa đơn và chứng từ thanh toán nhưng thiếu các tài liệu chứng minh vì sao mức giá hoặc khoản chi phí giữa các bên liên kết là phù hợp với điều kiện thị trường.

Đối với các khoản chi phí dịch vụ nội bộ, phí quản lý, tiền bản quyền, chi phí hỗ trợ kỹ thuật hay lãi vay từ công ty mẹ, nếu doanh nghiệp không chứng minh được giá trị thực tế mang lại hoặc không có căn cứ xác định theo nguyên tắc giao dịch độc lập, nguy cơ bị điều chỉnh thu nhập chịu thuế là hoàn toàn có thể xảy ra.

Đáng lưu ý, Nghị định 255 tiếp tục kế thừa quy định về giới hạn chi phí lãi vay được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế theo mức 30% trên cơ sở tính toán theo quy định của pháp luật về quản lý thuế đối với giao dịch liên kết. Đây là nội dung doanh nghiệp có vay vốn từ các bên liên kết cần đặc biệt quan tâm khi xây dựng kế hoạch tài chính.

Doanh nghiệp vừa và nhỏ cũng không còn đứng ngoài cuộc

Một quan niệm khá phổ biến là chỉ các tập đoàn đa quốc gia mới phải lập hồ sơ giao dịch liên kết. Trên thực tế, nhiều doanh nghiệp Việt Nam có công ty mẹ, công ty con, doanh nghiệp gia đình hoặc startup sau các vòng gọi vốn đều có thể phát sinh giao dịch liên kết theo quy định.

Đối với doanh nghiệp vừa và nhỏ, rủi ro thường không nằm ở quy mô giao dịch mà ở việc thiếu quy trình lưu trữ tài liệu. Không ít doanh nghiệp ký hợp đồng nội bộ đơn giản, không có hồ sơ phân tích giá, không lưu bằng chứng về dịch vụ đã cung cấp hoặc căn cứ xác định chi phí. Khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình, việc bổ sung hồ sơ sau nhiều năm thường rất khó bảo đảm tính thuyết phục.

Với startup có nhà đầu tư nước ngoài hoặc hoạt động trong mô hình tập đoàn công nghệ, việc chuẩn hóa hồ sơ giao dịch liên kết còn giúp nâng cao tính minh bạch trong quá trình gọi vốn, sáp nhập và thẩm định doanh nghiệp.

Chuẩn bị hồ sơ từ đầu sẽ giảm đáng kể rủi ro thuế

Từ góc độ quản trị, hồ sơ giao dịch liên kết không nên được xem là "bộ tài liệu để đối phó thanh tra", mà cần trở thành một phần của hệ thống kiểm soát nội bộ. Doanh nghiệp nên rà soát các giao dịch với bên liên kết ngay từ khi ký kết hợp đồng; xây dựng chính sách xác định giá rõ ràng; lưu đầy đủ chứng từ, tài liệu chứng minh chức năng, chi phí và lợi ích kinh tế của từng giao dịch; đồng thời cập nhật hồ sơ định kỳ theo biến động hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Có thể thấy, Nghị định 255/2026/NĐ-CP đang chuyển trọng tâm quản lý từ kiểm tra hình thức sang đánh giá bản chất kinh tế của giao dịch liên kết. Trong bối cảnh cơ quan thuế ngày càng tăng cường phân tích dữ liệu và đối chiếu thông tin, một bộ hồ sơ được chuẩn bị đầy đủ, logic và đúng quy định sẽ không chỉ giúp doanh nghiệp đáp ứng yêu cầu tuân thủ mà còn trở thành "lá chắn" pháp lý quan trọng trước các rủi ro về thuế và tranh chấp trong tương lai.