Cảnh báo rủi ro không phải căn cứ từ chối hoàn thuế GTGT

Một trong những nội dung đáng chú ý của hướng dẫn mới là việc phân biệt rõ giữa cảnh báo rủi ro và căn cứ pháp lý để giải quyết hoàn thuế. Theo đó, thông tin cảnh báo đối với người bán, hóa đơn hoặc các chủ thể trong chuỗi cung ứng chỉ phục vụ công tác quản lý rủi ro và xác minh của cơ quan thuế, không đồng nghĩa doanh nghiệp bị từ chối hoàn thuế hay giao dịch bị mặc nhiên xem là không hợp pháp.

Cán bộ thuế giải quyết hồ sơ cho người dân và doanh nghiệp tại TP. Hồ Chí Minh. Hướng dẫn mới của Cục Thuế được kỳ vọng góp phần tháo gỡ vướng mắc trong công tác hoàn thuế GTGT. Ảnh: Ngọc Dương

Thực tế thời gian qua, nhiều doanh nghiệp phản ánh việc hoàn thuế bị kéo dài do phát sinh cảnh báo rủi ro tại các nhà cung cấp trong chuỗi giao dịch, đặc biệt ở các cấp F2, F3 hoặc xa hơn. Điều này khiến không ít hồ sơ phải chờ xác minh trong thời gian dài dù doanh nghiệp trực tiếp mua bán, sản xuất và xuất khẩu vẫn đáp ứng đầy đủ các điều kiện theo quy định.

Theo hướng dẫn của Cục Thuế, trường hợp nhà cung cấp hoặc các chủ thể liên quan bị cảnh báo về hóa đơn, ngừng hoạt động, không còn hoạt động tại địa chỉ đăng ký, giải thể hoặc đang thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế chỉ là căn cứ để cơ quan thuế đánh giá mức độ rủi ro và tiến hành xác minh khi cần thiết. Đây không phải là cơ sở độc lập để từ chối hoàn thuế hoặc yêu cầu doanh nghiệp hoàn trả số thuế GTGT đã được hoàn trước đó.

Việc xem xét hoàn thuế sẽ được thực hiện dựa trên hồ sơ, chứng từ, tính hợp pháp của hóa đơn, tính có thật của giao dịch và việc doanh nghiệp đáp ứng đầy đủ các điều kiện hoàn thuế theo quy định tại thời điểm phát sinh giao dịch cũng như kỳ đề nghị hoàn thuế.

Đối với các khoản thuế GTGT đã được hoàn, cơ quan thuế chỉ thực hiện thu hồi khi có kết luận kiểm tra, xác minh hoặc quyết định của cơ quan có thẩm quyền xác định doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện hoàn thuế hoặc có hành vi vi phạm pháp luật về thuế.

Cục Thuế cũng khuyến nghị doanh nghiệp chủ động rà soát thông tin đối tác, thực hiện kê khai đầy đủ, trung thực, lưu giữ hồ sơ chứng từ liên quan đến giao dịch và phối hợp kịp thời với cơ quan thuế khi được yêu cầu giải trình hoặc bổ sung thông tin.

Tính đến hết tháng 8/2026, Thuế TP. Hồ Chí Minh đã ban hành hơn 3.300 quyết định hoàn thuế với tổng số tiền trên 29.500 tỷ đồng. Đồng thời, số lượng hồ sơ giải quyết trễ hạn đã giảm khoảng một phần ba so với giai đoạn tồn đọng cao điểm của năm 2025.

Những thay đổi trong hướng dẫn lần này được kỳ vọng sẽ góp phần nâng cao tính minh bạch, giảm thời gian xử lý hồ sơ và tạo thuận lợi hơn cho cộng đồng doanh nghiệp trong quá trình thực hiện thủ tục hoàn thuế GTGT.