Hoàn thuế VAT chuyển từ thủ công sang quản lý dựa trên dữ liệu và rủi ro

Hoàn thuế giá trị gia tăng (VAT) đang được ngành Thuế chuyển mạnh từ xử lý thủ công sang quản lý dựa trên dữ liệu và rủi ro. Với cộng đồng doanh nghiệp, thay đổi này có ý nghĩa không chỉ ở thời gian chờ hoàn thuế mà còn ở khả năng chủ động dòng tiền và giảm chi phí tuân thủ.

Tại Hội nghị lắng nghe và giải quyết khó khăn, vướng mắc trong công tác hoàn thuế VAT ngày 24/9, Cục Thuế cho biết đến ngày 21/9/2026, toàn quốc đã ban hành 14.058 quyết định hoàn thuế VAT, với tổng số tiền 142.599 tỷ đồng, đạt 82% dự toán hoàn thuế năm 2026 và bằng 144% so với cùng kỳ năm 2025.

Đáng chú ý, 73% số quyết định được giải quyết theo phương thức hoàn trước, kiểm tra sau. Trong nhóm này, 87% hồ sơ được giải quyết trong 6 ngày làm việc. Hồ sơ hoàn thuế xuất khẩu chiếm tỷ trọng lớn, với 12.847 quyết định, tương ứng 119.376 tỷ đồng.

Doanh nghiệp cần hoàn thuế nhanh và có thể dự báo

Những con số trên cho thấy cơ chế hoàn trước, kiểm tra sau đang trở thành phương thức xử lý chủ đạo. Tuy nhiên, vấn đề cộng đồng doanh nghiệp quan tâm không chỉ đến tốc độ mà còn là khả năng dự báo được thời gian và kết quả xử lý hồ sơ.

Phó Cục trưởng Cục Thuế - ông Mai Sơn nhấn mạnh yêu cầu phải làm rõ thời gian xử lý và kết quả đối với từng hồ sơ: số tiền được hoàn, số tiền chưa được hoàn, số tiền không được hoàn và kèm với lý do cụ thể.

Tại hội nghị, đại diện Hiệp hội Doanh nghiệp Đầu tư nước ngoài cho biết doanh nghiệp FDI gặp vướng mắc đáng kể khi Cơ quan Thuế phải rà soát, xác minh chuỗi hóa đơn đầu vào từ các nhà cung cấp ở nhiều địa phương. Hiệp hội đề nghị khoanh vùng đúng phần có rủi ro, nếu chỉ một số hóa đơn có vấn đề thì giữ lại phần thuế tương ứng để kiểm tra, thay vì làm chậm toàn bộ số tiền doanh nghiệp đề nghị hoàn.

Đây cũng là hướng tiếp cận được nhiều hiệp hội doanh nghiệp đề xuất trong thời gian qua.

Theo VCCI, cộng đồng doanh nghiệp ngày càng quan tâm đến tính chắc chắn của nghĩa vụ thuế, sự thống nhất trong cách hiểu và áp dụng chính sách, cũng như quá trình chuyển từ tiền kiểm sang hậu kiểm. Nêu ý kiến tại hội nghị, đại diệnk VCCI đề nghị tăng cường quản lý dựa trên rủi ro, bảo vệ doanh nghiệp tuân thủ tốt và nâng cao khả năng dự báo của chính sách.

Đại diện VASEP cũng kiến nghị đẩy nhanh hoàn VAT cho doanh nghiệp tuân thủ tốt, tăng áp dụng quản lý rủi ro và đơn giản hóa quy trình hoàn thuế điện tử. EuroCham đề nghị chuyển mạnh sang hoàn VAT dựa trên quản lý rủi ro và hoàn thuế tự động, bảo đảm doanh nghiệp tuân thủ tốt được hoàn thuế đúng thời hạn.

Từ hồ sơ đến dòng tiền của doanh nghiệp

Theo Cục Thuế, một trong những nguyên nhân khiến hồ sơ kéo dài là doanh nghiệp chưa lập đầy đủ, chính xác hồ sơ, phải giải trình hoặc bổ sung nhiều lần. Một số hồ sơ khác phát sinh rủi ro liên quan hóa đơn, chứng từ thanh toán hoặc đối tác trung gian, buộc cơ quan thuế phải xác minh với Hải quan, ngân hàng, công an hoặc cơ quan thuế quản lý doanh nghiệp đầu vào.

Hội Tư vấn Thuế Việt Nam (VTCA) cho rằng có thể giảm đáng kể thời gian tuân thủ nếu doanh nghiệp được hỗ trợ ngay từ khâu lập tờ khai, trên cơ sở dữ liệu hóa đơn đầu vào và đầu ra.

Bài toán này đặc biệt quan trọng với doanh nghiệp xuất khẩu. Thuế đầu vào chưa được hoàn đồng nghĩa với một phần vốn của doanh nghiệp tiếp tục nằm trong chu kỳ sản xuất, trong khi doanh nghiệp vẫn phải bảo đảm vốn cho nguyên liệu, nhân công, logistics và các đơn hàng tiếp theo.

VCCI từng tổng hợp phản ánh của các hiệp hội ngành hàng cho thấy thủ tục hoàn thuế kéo dài có thể tác động đến dòng tiền, năng lực cạnh tranh và khả năng duy trì chuỗi cung ứng, nhất là những ngành có biên lợi nhuận thấp.

Hoàn thuế tự động để giảm thời gian chờ

Điểm mới đáng chú ý là ngành Thuế đang chuyển dần sang xử lý hồ sơ trên nền tảng dữ liệu.

Theo Cục Thuế, hệ thống quản lý thuế sẽ kết nối dữ liệu quản lý thuế, hóa đơn điện tử, tờ khai Hải quan, chứng từ thanh toán ngân hàng và các cơ sở dữ liệu liên quan để tự động phân loại rủi ro. Doanh nghiệp cũng được hỗ trợ tự rà soát tính hợp lệ của hóa đơn, chứng từ và tờ khai trước khi nộp hồ sơ.

Theo lộ trình được thông tin tại hội nghị, tháng 10/2026 hệ thống hoàn thuế VAT tự động sẽ vận hành đối với hồ sơ điện tử đáp ứng tiêu chí tuân thủ pháp luật. Đây được xem là bước chuyển từ việc kiểm tra dàn trải sang tập trung nguồn lực vào những hồ sơ thực sự có dấu hiệu rủi ro.

Ông Mai Sơn - Phó Cục trưởng Cục Thuế - nhấn mạnh yêu cầu phải làm rõ thời gian xử lý và kết quả đối với từng hồ sơ: số tiền được hoàn, số tiền chưa được hoàn, số tiền không được hoàn và lý do cụ thể.

Cách tiếp cận này đặt ra yêu cầu kép đối với Cơ quan Thuế và doanh nghiệp: doanh nghiệp tuân thủ tốt cần được hoàn thuế nhanh, minh bạch; hồ sơ có rủi ro vẫn phải được kiểm soát chặt chẽ.

Với cộng đồng doanh nghiệp, một quy trình hoàn thuế rõ ràng không chỉ giúp giảm thời gian làm thủ tục. Quan trọng hơn, đó là khả năng đưa nguồn vốn đang nằm trong khoản thuế được hoàn trở lại hoạt động sản xuất, kinh doanh với thời gian có thể dự báo được.