Thông tư mới siết quản lý thuế xuất nhập khẩu, tăng minh bạch và trách nhiệm doanh nghiệp

Việc Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 86/2026/TT-BTC đánh dấu một bước điều chỉnh quan trọng trong quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Trong bối cảnh hoạt động thương mại quốc tế ngày càng sôi động và phức tạp, quy định mới không chỉ hướng tới siết chặt kỷ cương mà còn đặt trọng tâm vào minh bạch hóa và số hóa toàn bộ quy trình kê khai, nộp thuế.

Thông tư được đánh giá là sự tiếp nối và hoàn thiện khung pháp lý hiện hành, đồng thời giải quyết nhiều vướng mắc phát sinh trong thực tiễn, đặc biệt liên quan đến hoạt động thương mại điện tử xuyên biên giới.

Khai thuế theo từng lần phát sinh, siết chặt nghĩa vụ tài chính

Theo quy định mới, việc khai thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được thực hiện theo từng lần phát sinh. Nội dung khai báo bao gồm nhiều sắc thuế khác nhau như thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường và thuế giá trị gia tăng.

Điểm đáng chú ý là toàn bộ quy trình từ khai thuế, khai bổ sung, thời hạn nộp hồ sơ đến việc xác định tỷ giá tính thuế đều phải tuân thủ chặt chẽ theo quy định của pháp luật về hải quan. Điều này nhằm đảm bảo sự thống nhất giữa các khâu quản lý, hạn chế tình trạng sai lệch hoặc lợi dụng kẽ hở chính sách.

Thông tư mới siết quản lý thuế xuất nhập khẩu, tăng minh bạch và trách nhiệm doanh nghiệp (Ảnh: Minh họa)

Tuy nhiên, Thông tư cũng quy định một số trường hợp không phải khai thuế theo từng lần phát sinh. Cụ thể, các mặt hàng như điện năng xuất khẩu, nhập khẩu; hàng hóa bán trong khu vực cách ly tại sân bay quốc tế (trừ hàng miễn thuế); hàng hóa phục vụ hành khách trên chuyến bay quốc tế hay xăng dầu cung ứng cho tàu bay xuất cảnh sẽ áp dụng cơ chế riêng.

Ngoài ra, các giao dịch giữa doanh nghiệp ưu tiên với đối tác trong hoạt động mua bán, gia công, thuê mượn cũng được miễn áp dụng quy định này, nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp có lịch sử tuân thủ tốt.

Đẩy mạnh số hóa hồ sơ, giảm thủ tục hành chính

Một trong những điểm nhấn của Thông tư 86 là khuyến khích mạnh mẽ việc nộp hồ sơ điện tử thay vì hồ sơ giấy. Người nộp thuế có thể thực hiện kê khai đầy đủ thông tin trên tờ khai hải quan và gửi các chứng từ liên quan thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.

Trong trường hợp hệ thống chưa hỗ trợ đầy đủ các chỉ tiêu thông tin, doanh nghiệp được phép nộp bản chụp chứng từ có ký số thông qua hệ thống. Đây được xem là giải pháp linh hoạt, phù hợp với quá trình chuyển đổi số đang diễn ra trong ngành tài chính – hải quan.

Dù vậy, hình thức nộp hồ sơ giấy vẫn được duy trì trong một số trường hợp. Đối với các chứng từ yêu cầu bản chính, người nộp thuế có thể nộp trực tiếp hoặc gửi qua đường bưu chính. Những tài liệu không bắt buộc bản chính có thể sử dụng bản chụp để giảm chi phí và thời gian.

Đáng chú ý, Thông tư cũng quy định rõ rằng trong nhiều trường hợp, nếu chứng từ đã có trên Cổng thông tin một cửa quốc gia hoặc các hệ thống dữ liệu kết nối, doanh nghiệp không cần nộp lại. Thay vào đó, chỉ cần cung cấp thông tin để cơ quan hải quan tra cứu. Quy định này giúp giảm đáng kể thủ tục hành chính, đồng thời hạn chế tình trạng trùng lặp hồ sơ.

Nâng cao trách nhiệm doanh nghiệp và vai trò giám sát của hải quan

Bên cạnh việc đơn giản hóa thủ tục, Thông tư 86 cũng đặt ra yêu cầu cao hơn đối với trách nhiệm của người nộp thuế. Doanh nghiệp phải khai báo chính xác, trung thực và đầy đủ các nội dung trong hồ sơ, đồng thời chịu trách nhiệm trước pháp luật về toàn bộ thông tin đã cung cấp.

Một yêu cầu quan trọng khác là đảm bảo tính thống nhất giữa hồ sơ lưu trữ tại doanh nghiệp và hồ sơ đã nộp cho cơ quan hải quan. Điều này nhằm tránh tình trạng “hai hệ thống dữ liệu” gây khó khăn cho công tác kiểm tra, đối chiếu.

Về phía cơ quan quản lý, hải quan có trách nhiệm tiếp nhận và xử lý hồ sơ thông qua cả hệ thống điện tử và hồ sơ giấy. Trong quá trình kiểm tra, cơ quan hải quan sẽ căn cứ vào thông tin trên tờ khai cùng các chứng từ liên quan để xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.

Đặc biệt, việc kết nối dữ liệu với các nền tảng như Cổng thông tin một cửa quốc gia, Cổng dịch vụ công trực tuyến hay hệ thống trao đổi thông tin với các quốc gia khác giúp nâng cao hiệu quả kiểm tra, giám sát. Đây là nền tảng quan trọng để tiến tới xây dựng hệ thống hải quan thông minh, hiện đại.

Ngoài ra, Thông tư cũng làm rõ việc khai và nộp thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu thông qua các nền tảng thương mại điện tử. Theo đó, các hoạt động này vẫn phải tuân thủ quy định hiện hành, đảm bảo không tạo ra “vùng trống” trong quản lý thuế.

Có thể thấy, Thông tư 86/2026/TT-BTC không chỉ là một văn bản điều chỉnh kỹ thuật mà còn thể hiện định hướng quản lý mới của cơ quan chức năng: minh bạch, số hóa và tăng cường trách nhiệm giải trình. Trong bối cảnh hội nhập sâu rộng, việc hoàn thiện khung pháp lý về thuế xuất nhập khẩu sẽ góp phần tạo môi trường kinh doanh công bằng, đồng thời nâng cao hiệu quả thu ngân sách nhà nước.

Về dài hạn, khi các quy định được triển khai đồng bộ, doanh nghiệp sẽ buộc phải thích nghi với yêu cầu minh bạch cao hơn. Đây vừa là thách thức, vừa là cơ hội để nâng cao năng lực quản trị, hướng tới phát triển bền vững trong chuỗi giá trị toàn cầu.