Điều kiện giám sát hải quan quyết định chính sách thuế của doanh nghiệp chế xuất

Đây là nội dung được Cục Hải quan lưu ý trong văn bản số 20010/CHQ-GSQL ngày 7/8/2026, trả lời vướng mắc của Chi cục Hải quan khu vực IV về điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan và chính sách thuế đối với doanh nghiệp chế xuất là khu phi thuế quan.

Điểm quan trọng trong hướng dẫn lần này là việc xác định thời gian doanh nghiệp thực tế không còn đáp ứng điều kiện. Khoảng thời gian này là cơ sở để cơ quan Hải quan xử lý chính sách thuế theo quy định.

Điều kiện giám sát gắn với chính sách thuế

Cục Hải quan cho biết, vướng mắc do Chi cục Hải quan khu vực IV nêu chưa mô tả cụ thể tình huống phát hiện doanh nghiệp không còn đáp ứng một hoặc một số điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan theo Điều 28a Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, được bổ sung bởi khoản 10 Điều 1 Nghị định số 18/2021/NĐ-CP.

Theo Cục Hải quan, trường hợp doanh nghiệp chế xuất không còn bảo đảm đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan thì không đủ điều kiện áp dụng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan theo quy định.

Vì chưa có thông tin cụ thể về tình huống nên Cục Hải quan chưa có cơ sở trả lời chi tiết. Tuy nhiên, cơ quan này đề nghị đơn vị lưu ý hệ thống quy định liên quan để xác định và xử lý đúng bản chất vụ việc.

Theo điểm c khoản 4 Điều 2 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu từ khu phi thuế quan ra nước ngoài; hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài vào khu phi thuế quan và chỉ sử dụng trong khu phi thuế quan; hàng hóa chuyển từ khu phi thuế quan này sang khu phi thuế quan khác thuộc các trường hợp không áp dụng thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu theo quy định.

Luật cũng xác định khu phi thuế quan phải có ranh giới địa lý rõ ràng, được ngăn cách với khu vực bên ngoài bằng hàng rào cứng và bảo đảm điều kiện để Cơ quan Hải quan cùng các cơ quan liên quan thực hiện kiểm tra, giám sát, kiểm soát đối với hàng hóa xuất nhập khẩu.

Như vậy, khả năng kiểm soát của Cơ quan Hải quan là một phần quan trọng trong điều kiện để khu vực này được áp dụng cơ chế thuế tương ứng.

Doanh nghiệp chế xuất phải duy trì điều kiện trong quá trình hoạt động

Quy định tại Điều 28a Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được bổ sung bởi Nghị định số 18/2021/NĐ-CP đặt ra các điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan để áp dụng chính sách thuế đối với doanh nghiệp chế xuất là khu phi thuế quan.

Cùng với đó, khoản 2 Điều 26 Nghị định số 35/2022/NĐ-CP quy định khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất và các phân khu công nghiệp dành cho doanh nghiệp chế xuất phải được ngăn cách với lãnh thổ bên ngoài bằng hệ thống tường rào, có cổng và cửa ra vào, bảo đảm điều kiện kiểm tra, giám sát, kiểm soát của Cơ quan Hải quan và các cơ quan chức năng liên quan theo quy định áp dụng đối với khu phi thuế quan.

Điều này cho thấy việc đáp ứng điều kiện không phải chỉ là yêu cầu tại thời điểm doanh nghiệp bắt đầu hoạt động. Trong quá trình vận hành, nếu điều kiện về kiểm tra, giám sát không còn được bảo đảm, doanh nghiệp có thể không còn đủ cơ sở để tiếp tục áp dụng chính sách thuế dành cho khu phi thuế quan.

Cục Hải quan vì vậy xác định rõ: trường hợp doanh nghiệp chế xuất không còn bảo đảm điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan thì không đủ điều kiện áp dụng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan theo quy định.

Đây là điểm doanh nghiệp chế xuất cần đặc biệt lưu ý khi có thay đổi về cơ sở vật chất, ranh giới, cổng ra vào hoặc các điều kiện phục vụ công tác kiểm tra, giám sát.

Khoảng thời gian mất điều kiện là điểm cần xác định

Một vấn đề khác được Cục Hải quan nhấn mạnh là không thể xử lý chỉ dựa trên việc doanh nghiệp có hay không có điều kiện tại thời điểm kiểm tra.

Với doanh nghiệp chế xuất, việc duy trì liên tục các điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan không chỉ là yêu cầu để bảo đảm hoạt động thông suốt. Đây còn là một phần của quản trị rủi ro thuế.

Cơ quan Hải quan đề nghị Chi cục Hải quan khu vực IV căn cứ bản chất vụ việc và tình huống phát hiện thực tế để xác định chính xác khoảng thời gian doanh nghiệp không còn bảo đảm một hoặc một số điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan.

Cách tiếp cận này có ý nghĩa trực tiếp đối với việc xác định chính sách thuế áp dụng cho doanh nghiệp.

Nguyên tắc tương tự cũng được thể hiện tại khoản 3 Điều 23 Nghị định số 96/2026/NĐ-CP ngày 31/3/2026 của Chính phủ. Theo đó, trong thời gian hưởng ưu đãi, nếu dự án đầu tư có thời gian không đáp ứng điều kiện hưởng ưu đãi thì nhà đầu tư không được hưởng ưu đãi đầu tư cho chính thời gian không đáp ứng điều kiện.

Với doanh nghiệp chế xuất, việc xác định đúng mốc thời gian vì thế có ý nghĩa quan trọng. Không đáp ứng điều kiện trong khoảng thời gian nào thì việc xử lý chính sách phải gắn với khoảng thời gian đó, thay vì mặc nhiên áp dụng cho toàn bộ quá trình hoạt động.

Có thể phải khai tờ khai mới khi thay đổi đối tượng thuế

Một quy định khác được Cục Hải quan dẫn chiếu là khoản 5 Điều 25 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 12 Điều 1 Nghị định số 167/2025/NĐ-CP.

Theo quy định này, người khai hải quan phải khai tờ khai hải quan mới đối với trường hợp hàng hóa xuất nhập khẩu thuộc đối tượng không chịu thuế, miễn thuế hoặc được áp dụng chính sách thuế nhất định, đã được giải phóng hàng hoặc thông quan nhưng sau đó có thay đổi về đối tượng không chịu thuế hoặc mục đích được miễn thuế.

Đáng chú ý, chính sách quản lý hàng hóa xuất nhập khẩu và chính sách thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu được thực hiện tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan mới, trừ trường hợp đã thực hiện đầy đủ chính sách quản lý hàng hóa xuất nhập khẩu tại thời điểm đăng ký tờ khai ban đầu.

Đặt trong trường hợp doanh nghiệp chế xuất không còn đáp ứng điều kiện giám sát hải quan, quy định này cho thấy việc thay đổi điều kiện có thể kéo theo yêu cầu xử lý lại về thủ tục và chính sách thuế đối với hàng hóa liên quan.

Vì vậy, với doanh nghiệp chế xuất, việc duy trì liên tục các điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan không chỉ là yêu cầu để bảo đảm hoạt động thông suốt. Đây còn là một phần của quản trị rủi ro thuế.

Cục Hải quan yêu cầu Chi cục Hải quan khu vực IV căn cứ hồ sơ, bản chất vụ việc và thời điểm thực tế phát hiện để xác định khoảng thời gian doanh nghiệp không còn đáp ứng điều kiện, từ đó giải quyết theo đúng chức năng và thẩm quyền.

Đối với doanh nghiệp chế xuất, thông điệp từ hướng dẫn này khá rõ: điều kiện giám sát hải quan phải được duy trì trong suốt quá trình hoạt động; khi điều kiện thay đổi, doanh nghiệp cần chủ động rà soát ngay tác động đến chính sách thuế thay vì chờ đến khi Cơ quan Hải quan phát hiện.