VCCI kiến nghị tháo gỡ bất cập về thuế GTGT cho doanh nghiệp nông nghiệp

Theo VCCI, sau hơn ba tháng triển khai chính sách mới, nhiều hiệp hội ngành hàng chủ lực như thủy sản, cà phê, hồ tiêu, điều, gỗ, lâm sản và chăn nuôi đã phản ánh tình trạng “nghẽn” dòng tiền, giảm năng lực cạnh tranh và gặp rủi ro mất thị phần xuất khẩu.

Thuế suất 5% chưa phù hợp với hàng nông sản sơ chế

Hiện nay, theo quy định, các sản phẩm “chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường” bị áp thuế GTGT 5%. Tuy nhiên, với các mặt hàng nông sản như cà phê, tiêu, điều, tôm, cá... thì quy trình chủ yếu chỉ dừng lại ở việc bóc vỏ, phơi, sấy – không làm phát sinh giá trị gia tăng thực chất.

Việc áp thuế 5% đối với nhóm hàng này, theo VCCI, là chưa hợp lý và đang tạo gánh nặng vốn cho doanh nghiệp. Đáng chú ý, cơ chế “thu trước – hoàn sau” khiến các doanh nghiệp phải tạm ứng lượng tiền thuế rất lớn trong khi biên lợi nhuận chỉ dao động 1–3%.

Ngành cà phê phải tạm nộp gần 10.000 tỷ đồng thuế GTGT mỗi năm, trong khi ngành hồ tiêu ước phải ứng trước tới 85 triệu USD. Áp lực tài chính này không chỉ làm tăng chi phí xuất khẩu mà còn khiến hàng Việt Nam mất lợi thế cạnh tranh so với các nước như Brazil, Indonesia hay Ấn Độ.

VCCI kiến nghị tháo gỡ bất cập về thuế GTGT cho doanh nghiệp nông nghiệp

Doanh nghiệp khó hoàn thuế, thiếu chứng từ đầu vào

Một khó khăn lớn khác là phần lớn nguyên liệu đầu vào được thu mua từ các hộ nông dân nhỏ lẻ, không có chức năng xuất hóa đơn GTGT. Điều này khiến doanh nghiệp không đủ hồ sơ để khấu trừ hoặc hoàn thuế. Việc yêu cầu truy xuất nguồn gốc đến từng hộ dân là không khả thi trong thực tế.

Đối với nhóm doanh nghiệp xuất khẩu qua các sàn thương mại điện tử như Amazon, Alibaba, vướng mắc lại nằm ở việc thiếu chứng từ và hợp đồng theo mẫu truyền thống. Việc chưa cho phép sử dụng dữ liệu điện tử làm căn cứ hoàn thuế khiến nhiều đơn vị dù đã xuất khẩu hợp pháp vẫn không thể được hoàn thuế.

Ngoài ra, nhiều doanh nghiệp còn bị “vạ lây” do nhà cung cấp gian lận hóa đơn hoặc chậm nộp thuế. Một số trường hợp dù có đủ chứng từ hợp lệ, đã thanh toán đầy đủ vẫn bị truy thu hoặc từ chối hoàn thuế, gây tổn hại nghiêm trọng đến uy tín và khả năng thực hiện các đơn hàng quốc tế – đặc biệt trong bối cảnh thị trường EU yêu cầu cao về minh bạch chuỗi cung ứng.

Đề xuất 6 nhóm giải pháp tháo gỡ cấp bách

Để kịp thời hỗ trợ sản xuất và ổn định chuỗi cung ứng nông sản, VCCI kiến nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét 6 nhóm giải pháp trọng tâm:

Rà soát, sửa đổi phạm vi chịu thuế GTGT đối với sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường; xem xét khôi phục quy định “không phải kê khai, tính thuế” như tại Nghị định 209/2013/NĐ-CP; đồng thời giao Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành danh mục cụ thể các sản phẩm sơ chế thông thường.

Điều chỉnh quy định hoàn thuế theo hướng loại bỏ điều kiện “chỉ được hoàn thuế khi nhà cung cấp đã nộp thuế”. Đây là điều kiện bất hợp lý, khiến doanh nghiệp chịu rủi ro thay cho bên thứ ba.

Ban hành hướng dẫn pháp lý đặc thù cho giao dịch giữa doanh nghiệp và hộ nông dân; cho phép sử dụng bảng kê mua hàng không hóa đơn theo mẫu Thông tư 78/2021/TT-BTC làm chứng từ khấu trừ, hoàn thuế; đồng thời quy định rõ các trường hợp miễn thuế GTGT cho hộ nông dân nhỏ lẻ.

Hoàn thiện cơ chế pháp lý cho xuất khẩu qua sàn thương mại điện tử, cho phép sử dụng chứng từ điện tử và dữ liệu giao dịch số làm căn cứ xác minh trong hoàn thuế xuất khẩu.

Rà soát hệ thống xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế, phân loại theo mức độ, áp dụng linh hoạt và nhân văn hơn đối với doanh nghiệp nhỏ và siêu nhỏ.

Áp dụng cơ chế khoan hồng cho vi phạm kỹ thuật, miễn phạt đối với sai sót nhỏ (dưới 50.000 đồng) hoặc vi phạm lần đầu như chậm kê khai, sai mã hợp đồng nhằm khuyến khích tinh thần tuân thủ tự nguyện.

VCCI đề nghị Chính phủ chỉ đạo các bộ, ngành liên quan nghiên cứu, tiếp thu và sớm ban hành các điều chỉnh phù hợp, kịp thời tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp nông nghiệp. Đây được xem là bước đi quan trọng nhằm bảo đảm mục tiêu phát triển bền vững, nâng cao giá trị nông sản Việt Nam trên thị trường quốc tế.