VCCI đề xuất cơ chế chuyển tiếp thuế VAT, bảo vệ doanh nghiệp trước rủi ro truy thu

Góp ý Dự thảo Nghị định sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 181/2025/NĐ-CP, đã được sửa đổi bởi Nghị định 359/2025/NĐ-CP và Nghị định 144/2026/NĐ-CP, VCCI nhất trí với sự cần thiết ban hành quy định mới. Theo tổ chức này, các nội dung sửa đổi có thể góp phần khuyến khích đầu tư chế biến sâu, nâng cao giá trị sản phẩm trong nước, cải thiện dòng tiền và năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp xuất khẩu.

Tuy nhiên, VCCI cho rằng để chính sách thực sự phát huy hiệu quả, cần giải quyết hai vấn đề quan trọng: quy định chuyển tiếp đối với giao dịch đã phát sinh trước ngày văn bản mới có hiệu lực và phân định rõ trách nhiệm của các bên trong giao dịch hàng hóa tại khu phi thuế quan.

VCCI đề xuất cơ chế chuyển tiếp thuế VAT, bảo vệ doanh nghiệp trước rủi ro truy thu

Cần cơ chế chuyển tiếp rõ ràng, tránh phát sinh nghĩa vụ ngoài dự liệu

Tại Điều 2 Dự thảo, khoản 1 quy định Nghị định có hiệu lực kể từ ngày ký nhưng chưa làm rõ cách xử lý các giao dịch phát sinh trước thời điểm này. Trong khi đó, Nghị định 144/2026/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 20/6/2026, nhiều doanh nghiệp đã lập hóa đơn, thực hiện tờ khai hải quan hoặc phát sinh hàng tồn kho liên quan đến các mặt hàng thuộc Phụ lục II.

Đáng chú ý, ghi chú tại Phụ lục Dự thảo yêu cầu tra cứu mã hàng theo Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và Biểu thuế có hiệu lực tại thời điểm phát sinh tờ khai. Điều này khiến doanh nghiệp có thể gặp khó khăn khi xác định chính sách thuế áp dụng đối với hàng hóa đã hoàn tất thủ tục hải quan trước ngày Nghị định mới có hiệu lực.

Theo VCCI, nếu không có hướng dẫn chuyển tiếp cụ thể, doanh nghiệp sẽ khó xác định phương án điều chỉnh hóa đơn, kê khai bổ sung và thực hiện nghĩa vụ thuế. Cùng một tình huống nhưng cách xử lý giữa các cơ quan thuế, hải quan tại địa phương có thể thiếu thống nhất, kéo theo nguy cơ phát sinh tranh chấp, chi phí giải trình và thời gian xử lý hồ sơ.

Từ thực tế này, VCCI kiến nghị cho phép hàng hóa thuộc các mã hàng được đưa ra khỏi Phụ lục II, có thời điểm xác định thuế giá trị gia tăng từ ngày 20/6/2026 đến trước ngày Nghị định mới có hiệu lực, được áp dụng thuế suất 0% nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện.

Doanh nghiệp cũng cần được điều chỉnh hóa đơn, khai bổ sung hồ sơ thuế và không bị xử phạt vi phạm hành chính, không bị tính tiền chậm nộp đối với khoản chênh lệch phát sinh từ việc điều chỉnh theo quy định chuyển tiếp.

Bên cạnh đó, VCCI đề nghị Bộ Tài chính ban hành hướng dẫn về điều chỉnh hóa đơn, kê khai bổ sung và giải quyết hồ sơ hoàn thuế trong vòng 15 ngày kể từ ngày Nghị định có hiệu lực. Việc xác định rõ thời hạn và cách thức xử lý sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hoàn thiện chứng từ, quản trị dòng tiền, hạn chế tình trạng mỗi địa phương áp dụng một cách khác nhau.

Phân định trách nhiệm bên bán, bên mua tại khu phi thuế quan

Một nội dung khác được VCCI đặc biệt lưu ý là điều kiện áp dụng thuế suất VAT 0% đối với hàng hóa bán vào khu phi thuế quan.

Dự thảo sửa đổi Phụ lục II theo hướng mở rộng số mã hàng được hưởng thuế suất 0%. Tuy nhiên, điểm b khoản 1 Điều 17 Nghị định 181/2025/NĐ-CP vẫn quy định hàng hóa phải được tiêu dùng trong khu phi thuế quan và phục vụ trực tiếp hoạt động sản xuất hàng xuất khẩu.

Trong khi đó, khoản 1 Điều 18 quy định hồ sơ gồm hợp đồng, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và tờ khai hải quan, nhưng chưa làm rõ tài liệu để bên bán chứng minh mục đích sử dụng hàng hóa của bên mua.

Theo VCCI, quy định này chưa phản ánh đầy đủ thực tế hoạt động kinh doanh. Sau khi bàn giao hàng hóa, bên bán thường không có khả năng kiểm soát việc lưu kho, sử dụng hoặc chuyển nhượng hàng hóa của bên mua. Vì vậy, nếu bên mua sử dụng hàng hóa sai mục đích, bên bán có thể đối mặt với nguy cơ bị truy thu thuế và xử phạt, dù hành vi vi phạm xảy ra sau thời điểm bàn giao và nằm ngoài khả năng kiểm soát trực tiếp.

VCCI dẫn phản ánh về trường hợp doanh nghiệp chế xuất bán lại một phần hàng hóa vào thị trường nội địa. Tình huống này cho thấy nếu trách nhiệm giữa các bên không được phân định rõ, nhà cung cấp trong nước có thể phải gánh chịu rủi ro pháp lý từ hành vi của đối tác, ảnh hưởng đến quyết định ký kết hợp đồng dài hạn và duy trì quan hệ cung ứng.

Để khắc phục, VCCI đề nghị bổ sung quy định về văn bản cam kết của tổ chức trong khu phi thuế quan, xác nhận hàng hóa được sử dụng phục vụ trực tiếp hoạt động sản xuất hàng xuất khẩu. Bên mua phải chịu trách nhiệm về nội dung cam kết, đồng thời thực hiện kê khai, nộp thuế VAT nếu sử dụng hàng hóa không đúng mục đích.

Ở chiều ngược lại, bên bán đã có đầy đủ hồ sơ theo quy định cần được loại trừ trách nhiệm truy thu và xử phạt đối với hành vi vi phạm phát sinh từ phía bên mua sau khi hàng hóa được bàn giao.

Hai nhóm kiến nghị của VCCI đều hướng đến việc hoàn thiện tính minh bạch và khả năng thực thi của chính sách thuế. Theo đó, quy định không chỉ cần xác định rõ mức thuế suất, mà còn phải làm rõ thời điểm áp dụng, hồ sơ chứng minh và trách nhiệm của từng chủ thể trong giao dịch.

Việc bổ sung cơ chế chuyển tiếp hợp lý, đồng thời phân định rành mạch nghĩa vụ giữa bên bán và bên mua sẽ góp phần hạn chế rủi ro pháp lý, giảm chi phí tuân thủ cho doanh nghiệp. Đây cũng là cơ sở để bảo đảm mục tiêu quản lý thuế, chống thất thu ngân sách mà không đẩy những nghĩa vụ nằm ngoài khả năng kiểm soát sang các doanh nghiệp đã thực hiện đầy đủ trách nhiệm của mình.