Sàn thương mại điện tử đã nộp thuế thay - vì sao shop online vẫn có thể bị truy thu?

Shop online vẫn có thể bị truy thu thuế

Chị H. chủ một shop quần áo có cửa hàng ở Hà Nội, bán song song trên Shopee, TikTok Shop và Facebook là một trong những trường hợp như vậy. Phần doanh thu trên hai sàn đã được nền tảng khấu trừ thuế đầy đủ. Vấn đề nằm ở những đơn livestream chốt trên Facebook và Zalo, khách hàng chuyển khoản thẳng vào tài khoản cá nhân với nội dung quen thuộc “đặt hàng chị H.”. Cộng dồn cả năm là một con số không nhỏ mà chị chưa từng kê khai. Câu chuyện ấy phản ánh một khoảng trống hiểu biết phổ biến trong cộng đồng người bán hàng online, và là khoảng trống đang được cơ quan thuế rà soát mạnh.

Sàn nộp thay, nhưng chỉ với doanh thu phát sinh trên nền tảng

Đây là điểm dễ gây hiểu lầm nhất. Khi sàn thương mại điện tử có chức năng thanh toán xác nhận giao dịch thành công và chấp nhận thanh toán, nền tảng sẽ tự động khấu trừ và nộp thay thuế giá trị gia tăng cùng thuế thu nhập cá nhân của người bán. Tỷ lệ khấu trừ trên doanh thu mỗi giao dịch được ấn định rõ: hàng hóa 1% giá trị gia tăng và 0,5% thu nhập cá nhân; dịch vụ 5% và 2%; vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hóa 3% và 1,5%. Nếu sàn không xác định được giao dịch là hàng hóa hay dịch vụ, mức tỷ lệ cao nhất sẽ được áp dụng.

Đến đây thì người bán không phải kê khai lại nữa, nhưng chỉ với phần doanh thu đó. Cụm “phần doanh thu đó” mang ý nghĩa giới hạn rất rõ: chỉ áp dụng cho giao dịch phát sinh trên sàn và được xử lý qua hệ thống thanh toán của sàn. Doanh thu phát sinh ngoài sàn (bán qua Facebook, Zalo, livestream cá nhân, website riêng hoặc khách chuyển khoản trực tiếp) không thuộc phạm vi này. Với những kênh không có chức năng thanh toán, người bán phải trực tiếp kê khai, nộp thuế. Toàn bộ cơ chế trên được quy định cụ thể tại Nghị định 117/2025/NĐ-CP ngày 9/6/2025 của Chính phủ về quản lý thuế đối với hoạt động kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử, có hiệu lực từ ngày 1/7/2025.

4 nguồn doanh thu từ shop online

Tự kiểm tra rủi ro: 5 việc cần làm ngay

Cơ quan thuế hiện đối chiếu chéo nhiều nguồn dữ liệu, hóa đơn điện tử, dữ liệu các sàn và thông tin tài khoản ngân hàng theo Điều 30 Luật Quản lý thuế năm 2019, để xác định trường hợp có dấu hiệu rủi ro. Để tự rà soát, người bán hàng online có thể làm theo 5 bước đơn giản.

Trước hết, lấy sao kê tài khoản ngân hàng 12 tháng gần nhất. Loại bỏ chuyển khoản nội bộ, tiền lương, tiền vay. Đối chiếu phần còn lại với tổng doanh thu đã kê khai, khoảng lệch lớn là dấu hiệu rủi ro cao. Tiếp đó, kiểm tra trực tiếp trên trang quản trị từng sàn: báo cáo tài chính của Shopee, Tax Reports của TikTok Shop, Withholding Tax của Lazada. Ứng dụng eTax Mobile cho phép tra cứu mục “Thuế đã nộp thay”, là số tiền các sàn đã khấu trừ và nộp dưới mã số thuế người bán. Sau đó, đối chiếu tờ khai đã nộp trên Cổng thuedientu.gdt.gov.vn để xem phần doanh thu ngoài sàn đã được kê khai hay chưa. Cuối cùng là so sánh với mặt bằng ngành, con số kê khai có hợp lý với quy mô thực tế hay không.

Chủ động khai bổ sung để giảm rủi ro xử phạt

Đây là điểm quan trọng nhất mà người bán hàng online cần biết. Nếu phát hiện mình có phần doanh thu chưa kê khai, hành động hợp lý là khai bổ sung và nộp đủ thuế trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra, hoặc trước khi bị phát hiện. Làm đúng cách, người nộp thuế sẽ không bị xử phạt về hành vi khai sai. Thủ tục theo mẫu 01/KHBS quy định tại Thông tư 80/2021/TT-BTC, có thể nộp qua eTax Mobile.

Cánh cửa này được mở ra từ khoản 3 Điều 142 Luật Quản lý thuế năm 2019 và khoản 3 Điều 9 Nghị định 125/2020/NĐ-CP về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế, hóa đơn. Nội dung tiếp tục được Nghị định 310/2025/NĐ-CP ngày 2/12/2025 sửa đổi, làm rõ thêm và có hiệu lực từ ngày 16/1/2026. Lưu ý: miễn xử phạt khai sai không đồng nghĩa miễn tiền chậm nộp. Theo Điều 59 Luật Quản lý thuế năm 2019, tiền chậm nộp là 0,03%/ngày trên số tiền thuế chậm nộp, khoản này vẫn phải nộp đầy đủ.

Một con số đơn giản cho thấy giá trị của việc chủ động: với 600 triệu đồng doanh thu hàng hóa ngoài sàn chưa kê khai (vượt ngưỡng chịu thuế), số thuế truy thu theo tỷ lệ 1,5% là 9 triệu đồng, cộng tiền chậm nộp khoảng 1 triệu. Nếu để cơ quan thuế phát hiện và kết luận là trốn thuế theo Điều 17 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, mức phạt có thể từ 1 đến 3 lần số thuế trốn. Trường hợp số tiền trốn từ 100 triệu đồng trở lên đối với cá nhân, vụ việc có thể bị truy cứu hình sự theo Điều 200 Bộ luật Hình sự năm 2015 (sửa đổi năm 2017).

Một số thay đổi đáng chú ý và những sai lầm cần tránh

Cùng với cơ chế sàn nộp thay, người bán hàng online cần nắm thêm vài thay đổi căn bản liên quan trực tiếp đến nghĩa vụ thuế của mình. Thuế khoán và lệ phí môn bài đối với hộ, cá nhân kinh doanh đã được xóa bỏ; hộ kinh doanh chuyển sang kê khai, tự tính, tự nộp theo Nghị quyết 198/2025/QH15 của Quốc hội. Đáng chú ý, từ năm 2026, ngưỡng doanh thu không phải nộp thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập cá nhân đã được nâng lên 1 tỷ đồng/năm theo Nghị định 141/2026/NĐ-CP (sửa đổi Nghị định 68/2026/NĐ-CP), gấp đôi mức 500 triệu đồng trước đó. Cùng ngưỡng 1 tỷ đồng, hộ, cá nhân kinh doanh có doanh thu năm trên 1 tỷ đồng trong các lĩnh vực bán lẻ, ăn uống, lưu trú, dịch vụ trực tiếp đến người tiêu dùng phải áp dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế hoặc hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối dữ liệu với cơ quan thuế.

6 sai lầm phổ biến cần tránh: nghĩ “sàn đã nộp thay là mình thoát”, việc nộp thay chỉ áp dụng cho doanh thu trên sàn; dùng tài khoản cá nhân nhận tiền hàng ngoài sàn mà không tách bạch với chi tiêu cá nhân; kê khai thấp doanh thu livestream để né các mức thuế cao hơn; không lập hóa đơn khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, theo điểm e khoản 3 Điều 24 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP, hiệu lực từ ngày 16/1/2026), hành vi không lập hóa đơn từ 50 số hóa đơn trở lên có thể bị phạt 60 – 80 triệu đồng đối với tổ chức, cá nhân bằng một nửa; chờ cơ quan thuế gọi mới khai, đến lúc đó quyền miễn xử phạt khai sai gần như không còn; và không lưu chứng từ đầu vào về hàng hóa, vận chuyển, marketing để chứng minh chi phí hợp lý.

Việc Nhà nước siết quản lý thuế thương mại điện tử không nhằm gây khó cho người bán nhỏ, mà để tạo môi trường công bằng giữa cửa hàng truyền thống và shop online, giữa chính các shop online với nhau.