Kiểm tra thuế bước vào môi trường điện tử: Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì từ Thông tư 89?

Từ ngày Thông tư số 89/2026/TT-BTC có hiệu lực, hoạt động kiểm tra thuế sẽ được triển khai trên môi trường điện tử, đánh dấu bước tiến quan trọng trong lộ trình chuyển đổi số của ngành Thuế. Quy định mới không chỉ giúp giảm chi phí tuân thủ cho doanh nghiệp mà còn nâng cao tính công khai, minh bạch trong hoạt động kiểm tra, giám sát của cơ quan thuế.

Kiểm tra thuế bước vào môi trường điện tử: Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì từ Thông tư 89?

Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30/6/2026 hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15. Một trong những nội dung đáng chú ý của thông tư là lần đầu tiên quy định đầy đủ cơ chế kiểm tra thuế bằng phương thức điện tử, tạo hành lang pháp lý để toàn bộ quy trình kiểm tra được thực hiện trên nền tảng số.

Giảm chi phí tuân thủ, tăng tính minh bạch

Đối với cộng đồng doanh nghiệp, việc kiểm tra thuế trên môi trường điện tử được kỳ vọng sẽ mang lại nhiều lợi ích thiết thực.

Theo quy định mới, doanh nghiệp có thể gửi hồ sơ, chứng từ, tài liệu, văn bản giải trình và trao đổi thông tin với cơ quan thuế hoàn toàn bằng phương thức điện tử thông qua cổng giao tiếp điện tử của cơ quan thuế. Điều này giúp giảm đáng kể thời gian đi lại, chi phí in ấn, lưu chuyển hồ sơ giấy và hạn chế ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất, kinh doanh trong thời gian diễn ra kiểm tra.

Đáng chú ý, toàn bộ quá trình xử lý hồ sơ đều được cập nhật trên hệ thống điện tử, giúp người nộp thuế chủ động theo dõi tiến độ, kịp thời bổ sung thông tin khi cần thiết. Việc số hóa quy trình cũng góp phần nâng cao tính công khai, minh bạch, hạn chế tiếp xúc trực tiếp giữa cán bộ thuế và người nộp thuế, qua đó giảm nguy cơ phát sinh phiền hà hoặc các hành vi tiêu cực trong quá trình thực thi công vụ.

Toàn bộ quy trình kiểm tra được số hóa

Theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC, hoạt động kiểm tra thuế được thực hiện trên cơ sở dữ liệu điện tử do người nộp thuế cung cấp và hệ thống thông tin quản lý thuế.

Quy trình kiểm tra từ việc trao đổi thông tin, yêu cầu giải trình, tiếp nhận hồ sơ, lập biên bản, ban hành thông báo, kết luận kiểm tra đến quyết định xử lý đều được thực hiện bằng phương thức điện tử. Các tài liệu phát sinh trong quá trình này phải được ký số theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử và chữ ký số.

Toàn bộ dữ liệu, hồ sơ điện tử của cuộc kiểm tra được lưu trữ tập trung trên hệ thống, bảo đảm khả năng tra cứu, đối chiếu và kiểm chứng khi cần thiết. Sau khi cuộc kiểm tra kết thúc, cổng giao tiếp điện tử phục vụ cuộc kiểm tra sẽ được đóng theo đúng quy định.

Kiểm tra trực tiếp chỉ áp dụng khi thật sự cần thiết

Thông tư cũng quy định rõ, trong trường hợp dữ liệu điện tử chưa đủ cơ sở để kết luận hoặc cần xác minh thực tế tại doanh nghiệp, cơ quan thuế mới thực hiện kiểm tra trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế theo quy định của pháp luật.

Quy định này cho thấy phương thức kiểm tra trực tiếp sẽ không còn là hình thức phổ biến như trước mà chỉ được áp dụng khi dữ liệu điện tử chưa đáp ứng yêu cầu quản lý, góp phần giảm áp lực cho doanh nghiệp trong quá trình thanh tra, kiểm tra.

Doanh nghiệp cần chủ động chuẩn bị hạ tầng số

Để đáp ứng yêu cầu của phương thức kiểm tra mới, doanh nghiệp cần chủ động rà soát và hoàn thiện hạ tầng dữ liệu phục vụ công tác quản trị thuế.

Trong đó, cần bảo đảm chứng thư số và chữ ký số của doanh nghiệp cũng như người đại diện theo pháp luật luôn còn hiệu lực; đồng thời tổ chức lưu trữ hóa đơn điện tử, chứng từ kế toán, sổ sách và các tài liệu liên quan dưới dạng điện tử một cách đầy đủ, khoa học, bảo đảm khả năng truy xuất, cung cấp ngay khi cơ quan thuế yêu cầu.

Việc chuẩn hóa dữ liệu không chỉ giúp doanh nghiệp đáp ứng yêu cầu kiểm tra điện tử mà còn giảm đáng kể rủi ro trong công tác kê khai, quyết toán và quản trị thuế nội bộ.

Thúc đẩy quản lý thuế dựa trên dữ liệu và quản trị rủi ro

Việc số hóa toàn bộ quy trình kiểm tra được đánh giá là bước tiến quan trọng trong chiến lược chuyển đổi số ngành Thuế. Khi dữ liệu được chuẩn hóa và quản lý tập trung, cơ quan thuế có điều kiện tăng cường ứng dụng phân tích dữ liệu lớn (Big Data), trí tuệ nhân tạo (AI) và các công nghệ số để đánh giá rủi ro, lựa chọn đối tượng kiểm tra có trọng tâm, trọng điểm.

Qua đó, nguồn lực quản lý sẽ tập trung vào các trường hợp có dấu hiệu rủi ro cao, đồng thời giảm tần suất kiểm tra đối với các doanh nghiệp tuân thủ tốt pháp luật thuế. Đây cũng là định hướng phù hợp với mục tiêu hiện đại hóa quản lý thuế, lấy người nộp thuế làm trung tâm phục vụ, đồng thời nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước trong bối cảnh chuyển đổi số.