Sửa quy định khấu trừ thuế GTGT đầu vào, doanh nghiệp cần lưu ý gì?

Chính phủ đã ban hành Nghị định 144/2026/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số nội dung của Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT). Một trong những điểm đáng chú ý là quy định liên quan đến khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ sử dụng đồng thời cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế.

Những thay đổi này được đánh giá sẽ tác động trực tiếp đến công tác kế toán, kê khai thuế của doanh nghiệp (Ảnh minh họa).

Theo quy định mới, thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ, bao gồm cả tài sản cố định, chỉ được khấu trừ đối với phần phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT.

Doanh nghiệp phải thực hiện hạch toán riêng phần thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và phần không được khấu trừ. Trường hợp không thể tách riêng, số thuế được khấu trừ sẽ được xác định theo tỷ lệ doanh thu chịu thuế GTGT trên tổng doanh thu bán ra trong kỳ tính thuế.

Đáng chú ý, Nghị định 144/2026/NĐ-CP đã sửa đổi cách xác định “tổng doanh thu” dùng để tính tỷ lệ khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Theo đó, tổng doanh thu sẽ bao gồm: Doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT; Doanh thu hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT; Giá trị gia tăng từ hoạt động mua bán, chế tác vàng, bạc, đá quý (trừ trường hợp âm); Doanh thu của hàng hóa, dịch vụ thuộc khoản 2 Điều 40 của Nghị định.

Riêng với tổ chức tín dụng, chi nhánh ngân hàng nước ngoài, hoạt động chứng khoán và kinh doanh bảo hiểm, doanh thu được xác định theo pháp luật chuyên ngành tương ứng.

Một điểm mới khác là doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được bổ sung thêm cả phần doanh thu của hàng hóa không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo quy định của Luật Thuế GTGT hiện hành.

Ngoài nội dung liên quan đến tỷ lệ khấu trừ, Nghị định cũng bổ sung quy định về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt trong một số trường hợp đặc biệt.

Cụ thể, đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm hoặc trả góp có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên, doanh nghiệp phải có: Hợp đồng mua bán bằng văn bản; Hóa đơn GTGT; Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Tuy nhiên, nếu chưa đến thời hạn thanh toán theo hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng thì doanh nghiệp vẫn được tạm khấu trừ thuế GTGT đầu vào dù chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Đến thời điểm thanh toán, nếu doanh nghiệp không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định, đơn vị phải kê khai điều chỉnh giảm phần thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tương ứng với giá trị chưa đáp ứng điều kiện thanh toán.

Trường hợp sau đó bổ sung đầy đủ chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, doanh nghiệp được kê khai khấu trừ lại phần thuế GTGT đầu vào trong kỳ phát sinh chứng từ.

Các quy định mới được đánh giá sẽ tác động đáng kể đến hoạt động kế toán, quản trị hóa đơn và kiểm soát dòng tiền của doanh nghiệp, đặc biệt với các đơn vị có tỷ trọng giao dịch trả chậm lớn hoặc hoạt động trong nhiều lĩnh vực có cả doanh thu chịu thuế và không chịu thuế GTGT.