Luật Quản lý thuế 2025: Những kịch bản doanh nghiệp bị kiểm tra trực tiếp tại trụ sở

Từ ngày 1/7, Luật Quản lý thuế 2025 chính thức có hiệu lực thi hành, mang đến nhiều thay đổi lớn nhằm tăng cường kỷ cương tài chính và minh bạch hóa nghĩa vụ thuế.

Một trong những trọng tâm được cộng đồng kinh doanh quan tâm nhất là quy định cụ thể về các trường hợp Cơ quan Thuế thực hiện kiểm tra trực tiếp tại trụ sở của người nộp thuế. Các kịch bản này được cụ hóa để kiểm soát chặt chẽ nghĩa vụ của doanh nghiệp, đặc biệt là những đơn vị liên quan đến hoàn thuế hoặc có dấu hiệu rủi ro cao.

Nhận diện các nhóm hồ sơ và hành vi thuộc diện kiểm tra trực tiếp

Căn cứ quy định tại khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Cơ quan Thuế sẽ thực hiện kiểm tra trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế đối với 9 trường hợp cụ thể.

Quyết định kiểm tra thuế phải được gửi cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc và thực hiện công bố trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày ký.

Trước hết là nhóm hồ sơ liên quan đến dòng tiền hoàn thuế, bao gồm các hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế và hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với trường hợp được hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn 5 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.

Bên cạnh đó, những trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế, hoặc các hồ sơ được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề đã phê duyệt cũng sẽ chịu sự kiểm tra trực tiếp tại văn phòng làm việc.

Công tác kiểm tra tại trụ sở cũng được áp dụng đối với các trường hợp thực hiện theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan hoặc người có thẩm quyền, và các trường hợp kiểm tra theo yêu cầu của việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế. Ngoài ra, quy định mới này cũng bao quát các tình huống phát sinh khi hồ sơ khai thuế cần làm rõ nội dung theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều 22 Luật Quản lý thuế năm 2025 nhưng chưa được giải quyết thỏa đáng qua các kênh tương tác gián tiếp.

Kiểm soát rủi ro từ các biến động tổ chức và chính sách miễn giảm thuế

Một nhóm đối tượng khác cần đặc biệt lưu ý là các doanh nghiệp đang trong giai đoạn chuyển đổi cấu trúc hoặc thụ hưởng chính sách ưu đãi. Cơ quan Thuế sẽ lập biên bản kiểm tra trực tiếp nếu người nộp thuế có rủi ro cao thuộc các trường hợp chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc chuyển địa điểm kinh doanh.

Quy định này cũng được áp dụng đồng bộ đối với các trường hợp hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế của người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro cao.

Để bảo đảm tính khách quan và minh bạch trong suốt tiến trình này, pháp luật quy định người nộp thuế có quyền giải trình các vấn đề liên quan đến nội dung kiểm tra và bảo lưu ý kiến của mình. Doanh nghiệp hoàn toàn có quyền khiếu nại, khởi kiện, yêu cầu bồi thường thiệt hại nếu có sai phạm từ phía cơ quan công vụ, đồng thời được quyền tố cáo hành vi vi phạm pháp luật trong quá trình kiểm tra thuế.

Đại diện Cơ quan Thuế khuyến nghị việc nắm rõ và tuân thủ đúng các quy định này giúp doanh nghiệp tự bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của mình, chủ động phòng ngừa rủi ro pháp lý. Trong trường hợp phát sinh vướng mắc phát sinh trong quá trình vận hành, người nộp thuế nên liên hệ trực tiếp với cơ quan thuế quản lý để được hướng dẫn và giải đáp kịp thời.