Nhờ các khoản lãi từ cho vay, lãi từ tiền gửi ngân hàng, và những khoản thanh lý tài sản, bán vốn góp đầu tư công ty thành viên, Vietfracht mới có lãi trong những năm gần đây.
Ngày 2/7/2025, Hải quan Khu Công nghệ cao TP. Hồ Chí Minh đã ban hành quyết định cưỡng chế hành chính đối với Chi nhánh Công ty Cổ phần Vận tải và Thuê tàu (Vietfracht HoChiMinh) vì chậm nộp thuế kéo dài, với số tiền nợ lên tới hơn 4,19 tỷ đồng.
