Thông tư 109/2026/TT-BTC và những “điểm mù” pháp lý doanh nghiệp dịch vụ thuế không nên bỏ qua

Không ít doanh nghiệp chỉ nhìn vào điều kiện để được kinh doanh dịch vụ làm thủ tục về thuế, mà bỏ qua một vấn đề quan trọng hơn: sau khi đủ điều kiện, doanh nghiệp phải duy trì sự tuân thủ như thế nào? Thông tư 109/2026/TT-BTC, có hiệu lực từ ngày 24/7/2026, cho thấy “điểm mù” pháp lý không còn nằm đơn thuần ở thủ tục cấp phép, mà đang dịch chuyển sang năng lực chuyên môn, cập nhật kiến thức và khả năng kiểm soát rủi ro trong suốt quá trình hoạt động.

Thông tư 109/2026/TT-BTC: Doanh nghiệp, hộ kinh doanh cần làm gì ngay để tránh rủi ro pháp lý?

“Đủ điều kiện” chưa đồng nghĩa với “an toàn pháp lý”

Một trong những điểm doanh nghiệp dễ bỏ sót là sự khác biệt giữa đạt yêu cầu về năng lực và duy trì năng lực trong quá trình hành nghề.

Theo khoản 2 Điều 10 Thông tư 109/2026/TT-BTC, người tham gia hoạt động kinh doanh dịch vụ làm thủ tục về thuế phải cập nhật kiến thức hằng năm, trừ năm tham gia đánh giá năng lực. Điều 12 khoản 1 điểm a quy định thời gian cập nhật tối thiểu 24 giờ, tương đương 3 ngày học, trong một năm.

Đây là điểm các doanh nghiệp nhỏ và startup rất dễ xem nhẹ, nhất là khi nhân sự thường kiêm nhiệm nhiều vị trí. Nếu doanh nghiệp chỉ lưu chứng chỉ, bằng cấp mà không quản lý việc cập nhật kiến thức định kỳ, rủi ro tuân thủ có thể xuất hiện ngay trong chính khâu quản trị nhân sự.

Hộ kinh doanh nhỏ không nằm ngoài “tầm ngắm”

Một “điểm mù” khác nằm ở nhận thức rằng quy mô nhỏ đồng nghĩa với yêu cầu quản lý đơn giản hơn. Thực tế, khoản 1 Điều 2 xác định rõ đại lý thuế, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh dịch vụ làm thủ tục về thuế đều thuộc đối tượng áp dụng của Thông tư.

Điều này có ý nghĩa đáng kể đối với những hộ kinh doanh mà chủ hộ đồng thời trực tiếp cung cấp dịch vụ cho khách hàng. Mô hình càng tinh gọn, việc phụ thuộc vào một cá nhân có chuyên môn càng lớn; nhưng chính sự phụ thuộc đó cũng có thể trở thành điểm yếu khi người này không đáp ứng yêu cầu về năng lực hoặc cập nhật kiến thức.

Startup cần đặc biệt lưu ý “rủi ro con người”

Với các startup cung cấp dịch vụ kế toán, thuế trên nền tảng số, một nguy cơ thường bị đánh giá thấp là đồng nhất công nghệ với khả năng kiểm soát tuân thủ.

Thông tư quy định nội dung đánh giá năng lực bao gồm cả pháp luật về thuế và kế toán. Theo khoản 1 Điều 7, phần kế toán còn bao gồm chế độ kế toán áp dụng cho doanh nghiệp, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh.

Điều đó có nghĩa, dù quy trình xử lý hồ sơ được số hóa, trách nhiệm chuyên môn vẫn không thể “chuyển” cho phần mềm. Doanh nghiệp cần xác định rõ ai chịu trách nhiệm kiểm tra, phê duyệt và xử lý các tình huống có yếu tố pháp lý phức tạp.

“Điểm mù” lớn nhất: kiểm tra gắn với quản lý rủi ro

Đáng chú ý nhất có lẽ là Điều 14. Theo khoản 1, cơ quan thuế quản lý trực tiếp có thể kiểm tra hoạt động kinh doanh dịch vụ làm thủ tục về thuế của đại lý thuế, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh cùng với việc kiểm tra thuế. Khoản 2 Điều 14 quy định việc kiểm tra được thực hiện trên cơ sở quản lý rủi ro theo Thông tư 94/2026/TT-BTC.

Cách tiếp cận này làm thay đổi đáng kể tư duy quản trị. Doanh nghiệp không nên chỉ chuẩn bị hồ sơ để “đối phó khi kiểm tra”, mà cần chủ động nhận diện những khâu có khả năng phát sinh sai sót: tiếp nhận dữ liệu khách hàng, lập hồ sơ, kê khai, tư vấn, lưu trữ chứng từ và kiểm soát chất lượng trước khi gửi cơ quan thuế.

Rủi ro pháp lý có thể nhanh chóng trở thành rủi ro thương hiệu

Đây là điểm doanh nghiệp đặc biệt không nên bỏ qua. Khoản 1 Điều 15 quy định cơ quan thuế công bố kết quả kiểm tra trong thời hạn 5 ngày làm việc kể từ ngày ban hành kết luận. Thông tin công bố bao gồm tên, mã số thuế, người đại diện theo pháp luật, địa chỉ trụ sở và kết quả kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế và phương tiện thông tin đại chúng.

Với doanh nghiệp cung cấp dịch vụ thuế, uy tín chính là tài sản kinh doanh. Vì vậy, một vi phạm không chỉ cần được nhìn dưới góc độ tiền phạt hay nghĩa vụ khắc phục. Nó còn có thể ảnh hưởng tới khả năng giữ khách hàng, ký hợp đồng mới và xây dựng thương hiệu.

Doanh nghiệp cần làm gì để “bịt” các điểm mù?

Thay vì chờ đến khi có kiểm tra, doanh nghiệp nên xây dựng một “hồ sơ tuân thủ” nội bộ cho từng nhân sự cung cấp dịch vụ, trong đó theo dõi điều kiện chuyên môn, kết quả đánh giá năng lực, thời hạn bảo lưu và số giờ cập nhật kiến thức.

Đồng thời, cần phân định rõ trách nhiệm kiểm soát hồ sơ; xây dựng quy trình rà soát đối với các hồ sơ có mức độ rủi ro cao; lưu trữ đầy đủ tài liệu chứng minh quá trình cập nhật kiến thức và có cơ chế kiểm tra nội bộ định kỳ.

Đáng lưu ý, khoản 2 Điều 15 cũng quy định trường hợp đã khắc phục theo kết luận kiểm tra, cơ quan thuế cập nhật hoặc gỡ bỏ thông tin công bố trong thời hạn 3 ngày làm việc.

Thông điệp quan trọng nhất của Thông tư 109/2026/TT-BTC không nằm ở việc doanh nghiệp phải học thêm bao nhiêu giờ hay trải qua thêm một kỳ đánh giá. Vấn đề lớn hơn là “luật chơi” đang chuyển từ kiểm soát điều kiện đầu vào sang kiểm soát năng lực và rủi ro trong suốt quá trình kinh doanh. Với doanh nghiệp, hộ kinh doanh và startup, chủ động quản trị tuân thủ vì thế không còn là việc của riêng kế toán hay pháp chế, mà trở thành một phần của quản trị doanh nghiệp và bảo vệ thương hiệu.