Theo Bộ Tài chính, thời gian qua đã phát sinh nhiều vướng mắc về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư, trong đó có dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đã hoàn thành hoặc hoàn thành theo từng giai đoạn.
Bộ Tài chính chỉ ra thực tế có nhiều dự án đầu tư: khách sạn, khu du lịch, kinh doanh bất động sản, dự án đầu tư nhà máy... hoàn thành đến đâu doanh nghiệp mang ra kinh doanh đến đấy, các hạng mục còn lại vẫn tiếp tục đầu tư. Mặt khác, có dự án của doanh nghiệp đã hoàn thành và đi vào kinh doanh nhưng sau 2 đến 3 tháng, thậm chí 1 năm sau doanh nghiệp mới tập hợp đủ chứng từ và lập hồ sơ xin hoàn thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư.
Tuy nhiên, trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế đối với dự án đầu tư, Bộ Tài chính đã nhận được nhiều ý kiến phản ánh rằng tại một số dự án đầu tư đã hoàn thành (phát sinh doanh thu) mà doanh nghiệp chưa lập hồ sơ hoàn thuế thì cơ quan quản lý thuế không thực hiện giải quyết hoàn thuế cho doanh nghiệp. Với tình trạng này, trong quá trình kiểm toán, Kiểm toán Nhà nước cũng có kiến nghị đề nghị Bộ Tài chính quy định rõ tại văn bản quy phạm pháp luật để tránh vướng mắc trong thực hiện và tạo thuận lợi cho người nộp thuế.
Bộ Tài chính cho biết, theo quy định của pháp luật về thuế GTGT thì toàn bộ số thuế GTGT đầu vào phục vụ cho giai đoạn đầu tư được hoàn và việc lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư là quyền lợi của doanh nghiệp nên Luật thuế GTGT cũng không quy định sau thời hạn bao lâu doanh nghiệp phải lập hồ sơ xin hoàn thuế. Chính vì vậy, Bộ Tài chính cho rằng cần thiết phải bổ sung hướng dẫn rõ.
Cùng với đó, Bộ Tài chính cũng chỉ ra, trong thời gian vừa qua phát sinh nhiều dự án đầu tư thêm cùng tỉnh, thành phố với dự án đang hoạt động của doanh nghiệp. Ví dụ như doanh nghiệp có nhà máy thép tiếp tục đầu tư thêm 1 nhà máy thép ở cùng tỉnh với nhà máy đang hoạt động; doanh nghiệp có nhà máy điện thoại đầu tư thêm nhà máy sản xuất vô tuyến hoặc doanh nghiệp bất động sản đầu tư sản xuất ô tô... Các dự án này đều là dự án đầu tư mới của doanh nghiệp và theo quy định của Luật thuế GTGT thì doanh nghiệp được hoàn thuế GTGT đầu vào phục vụ cho dự án đầu tư.
Tuy nhiên, trong quá trình kiểm toán hoàn thuế GTGT tại các cục thuế, Kiểm toán Nhà nước cho rằng, quy định tại Luật và Nghị định chưa rõ nên đã kiến nghị thu hồi số tiền hoàn thuế GTGT của các dự án đầu tư cùng tỉnh, thành phố với dự án đang hoạt động. Sau khi Kiểm toán Nhà nước có khuyến nghị, Bộ Tài chính cũng nhận được rất nhiều văn bản của doanh nghiệp, Hiệp hội hoặc thông qua các cuộc đối thoại doanh nghiệp đề nghị giải quyết hoàn thuế GTGT đối với các dự án đầu tư, có những doanh nghiệp do không được hoàn thuế dẫn đến nợ ngân hàng lớn và có nguy cơ phá sản,
Bộ Tài chính thấy rằng, đối với doanh nghiệp phải thực hiện nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thì việc hoàn thuế GTGT cho đầu tư không làm giảm thu ngân sách nhà nước mà sẽ giải quyết khó khăn về vốn cho doanh nghiệp trong giai đoạn đầu tư (doanh nghiệp đang trong giai đoạn đầu tư đã được hoàn thuế GTGT đầu vào nên khi bán sản phẩm có thuế GTGT đầu ra thì không còn số thuế GTGT đầu vào khi đầu tư để được khấu trừ).
Để thống nhất nội dung hướng dẫn và phù hợp với thực tế, tại dự thảo Nghị định hướng dẫn một số nội dung của Luật thuế GTGT, Bộ Tài chính trình Chính phủ theo hướng gộp quy định tại điểm a và điểm b khoản 2 Điều 10 và bổ sung hướng dẫn về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đã hoàn thành hoặc hoàn thành theo từng giai đoạn.
Ngoài ra, Luật thuế GTGT không quy định dự án đầu tư có thời gian từ 1 năm trở lên thì được hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm. Quy định này dẫn đến có cách hiểu dự án đầu tư có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trên 300 triệu đồng nhưng thời gian đầu tư dưới 1 năm thì không được hoàn thuế GTGT. Vì vậy, Bộ Tài chính cho rằng cần thiết sửa đổi quy định này để tránh vướng mắc khi thực hiện.
Theo TCHQ
