Khu vực thứ hai từ Đại Trung Môn đến Khuê Văn Các - một công trình kiến trúc biểu trưng cho văn chương và giáo dục Việt Nam. Khuê Văn Các được xây dựng vào năm 1805 với kiến trúc gỗ lấy hình ảnh là ngôi sao Khuê tỏa sáng. Để lột tả rõ hình ảnh ngôi sao Khuê soi chiếu, 4 mặt Khuê Văn Các tạo hình 4 cửa sổ tròn với những con tiện tỏa ra tứ phía như mặt trời rực rỡ. Khu vực thứ ba gồm giếng nước hình vuông Thiên Quang rộng lớn tạo không gian thủy mộc hài hòa cho tổng thể di tích Văn Miếu Quốc Tử Giám và 2 hàng bia tiến sĩ ghi danh các sĩ tử đỗ đạt. Mỗi hàng có 41 bia, bia đá đặt trên một con rùa tượng trưng cho sự bất tử bất diệt. 82 tấm bia đá tượng trưng cho những con người từng đã từng đỗ đạt thành danh ở Quốc Tử Giám, là hiện vật có giá trị nhất tượng trưng cho nền hiếu học của người Việt Nam qua 82 khoa thi cử.
Khu thứ tư là khu trung tâm và là kiến trúc chủ yếu của Văn Miếu, gồm hai công trình lớn bố cục song song và nối tiếp nhau. Tòa nhà ngoài là Bái đường, Tòa trong là Thượng cung. Đây là khu vực thờ Khổng Tử và Tứ Phối (Nhan Tử, Tăng Tử, Tử Tư, Mạnh Tử). Khu thứ năm là khu nhà Thái Học. Thời Nguyễn trường Quốc Tử Giám ở Hà Nội bị bãi bỏ, nhà thái học bị đổi làm nhà Khải thánh, thờ thân phụ, thân mẫu của Khổng Tử. Tuy nhiên khu nhà này đã bị phá hủy trong giai đoạn kháng chiến chống Pháp. Khu nhà Thái Học mới được thành phố Hà Nội xây dựng lại năm 1999. Trong khu thứ năm này còn có nhà Tiền đường – Hậu Đường, là nơi thờ các vị vua Lý Thánh Tông, Lý Nhân Tông, Lê Thánh Tông và tư nghiệp Quốc Tử Giám Chu Văn An..
Văn Miếu Quốc Tử Giám không chỉ là trường đại học đầu tiên của nước ta mà còn như một ngọn nến luôn rực cháy, thắp sáng truyền thống hiếu học của người Việt. Đến nơi đây bạn dường như được tiếp thêm động lực từ những bảng vàng rực rỡ của ông cha, nạp vào nguồn năng lượng tràn đầy để vững tin trong hành trình nỗ lực học tập và khám phá tri thức nhân loại.
Bên cạnh đó, ngày nay Văn Miếu Quốc Tử Giám còn là nơi tổ chức hội thơ, là nơi khen tặng những học sinh ưu tú, xuất sắc và là địa điểm tham quan nổi tiếng thu hút đông đảo du khách trong nước và quốc tế khi đến với Hà Nội. Đồng thời, đây cũng là điểm hẹn “xin chữ” của người dân thủ đô trong những ngày tết truyền thống với ước mong năm mới an lành hoặc trong những mùa thi quan trọng của đất nước với niềm tin đỗ đạt của các “sĩ tử”. Với kiến trúc cổ xưa và những giá trị nhân văn độc đáo, Văn Miếu Quốc Tử Giám chính là gạch nối lịch sử của Hà Nội xưa và nay, góp phần làm giàu thêm kho tàng văn hóa của dân tộc. Trải qua nhiều thăng trầm của thời gian cùng các biến cố lịch sử, một số kiến trúc ở đây đã bị phá hủy thế nhưng Văn Miếu Quốc Tử Giám vẫn được xem là biểu tượng của tinh hoa giáo dục, nét đẹp văn hóa của dân tộc Việt Nam.